黎元洪要为孙洪伊留面子，于是加紧劝说对方自动辞职。不料孙洪伊却不肯给他面子，死活不愿辞职。

之后，黎元洪又请王士珍做说客，提出可以让孙洪伊以专使的名义出洋考察，部务由次长代理。这未尝不是一个下台阶的办法和机会，然而孙洪伊还是拒绝从命。

段祺瑞一面令人起草辞呈，一面也放出风来，说只要孙洪伊肯辞职，可以调其任全国水利总裁，或者外放省长。孙洪伊回复得更干脆：“政治家要硬干，无论做何牺牲，决不辞职。”

当孙洪伊成了针插不进、水泼不进的一颗铜豌豆之时，他在内阁的进出，也就成了总理能否维持其威信的标志。段祺瑞怒气冲冲地说：“好，我们大家都辞职，让孙洪伊一个人去干！”

黎元洪左右为难。当然他不认为问题出在孙洪伊身上，而只会认为全都是段祺瑞的错。幕僚们趁势建议邀请在河南隐居的徐世昌赴京组阁，以求彻底解决府院问题。

在幕僚们看来，北洋系是段祺瑞的政治资本，而徐世昌在北洋的资望又在段祺瑞之上，以徐代段，不会引起严重后果。黎元洪的政治智慧并不比他的幕僚高出多少，他居然也认为此计甚妙，当下就派代表前往河南敦请徐世昌出山。

黎幕不知道，资望是一回事，实力又是另外一回事。徐世昌不掌握北洋军权，那么明白的一个人，他岂敢凭着一个北洋元老的虚衔去摸老虎屁股？

徐世昌开始一再推托，在黎元洪派使两顾茅庐的情况下，才答应进京，但只是调解，“帮助总统分忧”，而不是取代段祺瑞做总理。他让人转告黎元洪：“要我做总理万万使不得，芝泉的脾性我知道，这样做必定后患无穷。”

为了避嫌，徐世昌还特地通过报界宣布了个人的三条原则，即“拥护元首”（指黎元洪）、“维持合肥”（指段祺瑞）、“不入政界”（指徐世昌自己）。

徐世昌到京后，在着重对段祺瑞的想法进行摸底的基础上，正式向府院提出调解办法：三天之内将孙洪伊、徐树铮同时免职。

段祺瑞对这种“各打五十大板”的办法表示同意，黎元洪驱段不得，也只好下令免去了孙洪伊内务总长的职务。

孙洪伊离开内阁后，重新恢复了议员的资格。他对免职一事很不服气，便又组织被称为“小孙派”的一部分国民党议员，利用国会对段祺瑞进行攻击。

徐树铮下台后也不甘心，孙洪伊继续折腾的做法则让他更加恼火。在徐树铮的策划下，步军统领（清代称九门提督）江朝宗派兵到孙洪伊家中进行搜查，理由是孙宅隐藏乱党，意图不轨，孙洪伊本人也有“阴蓄死士进行暗杀”的嫌疑。

自此，孙宅三天两头遭到军警的光顾。孙洪伊到底只是个手无缚鸡之力的政客，吃不消惊吓，只好逃出北京，到上海租界避难去了。

这是继策动各省北洋军人发表联名通电、反对唐绍仪入阁之后，徐树铮第二次在府院之争中使用非正常政治手段。听说孙洪伊狼狈出逃，徐树铮打着京剧道白对他的朋友们说：“山人略施小计，孙大胡子（孙洪伊）便丢官逃走，一家大小不得团聚了也！”

徐树铮努力装出得意和兴奋的表情，但心里其实并不愉快，因为政敌固然已落荒而逃，可他也不能再像原来那样光明正大地在国务院出入了。

徐树铮被免职后，国务院秘书长一职由“千年和事佬”张国淦担任，以融洽府院关系。徐树铮想在幕后操纵，让张国淦按他的意图办事，张国淦有时敷衍他一下，有时也不买他的账。

徐树铮向以“总理第二”自居，他的主张实际上也代表了段祺瑞的意思，张国淦不买他的账，就等于不买段祺瑞的账。这让徐树铮很不高兴，背后骂张国淦：“想不到张乾若（张国淦的字）是个蝙蝠派，给总理当秘书长，不听总理的。”

与此同时，段祺瑞一向对徐树铮依赖甚深，徐树铮的离职让他很不得劲，而且这种不快情绪很快就集中指向了徐树铮的另一个政敌——担任总统府秘书长的丁佛言。

在徐世昌进行调解，并征询段祺瑞的意见时，段祺瑞就曾提出：“要免，丁世铎（丁佛言的原名）一起免。”

在段祺瑞看来，孙洪伊免职仅仅只是内阁内部的问题，不能视为府方的让步。作为原先府院双方的秘书长，府院之争焦点之一的徐树铮既然已经去职，丁佛言也不应该再留在总统府。他对黎元洪说：“我的秘书长搞掉了，你的秘书长我还不满意呢。”

丁佛言是黎幕的主要人物，黎元洪自然不会轻易答应段祺瑞的要求，于是当即回答：“你的秘书长出了错，与我这里有什么关系？”

徐树铮虽然离开了国务院，但却从没有离开过段祺瑞的左右，而无论是为了帮段祺瑞争夺政治权力，还是给自己找回些面子，他都觉得有必要让黎元洪收回“有什么关系”这句话。

明枪不行，徐树铮又想到了暗箭。在他的授意下，以冯国璋领衔，全国二十余省区的北洋军头发出了“掬诚忠告”总统、总理、国会三方面的电文，其中提到“今后政客更有飞短流长，为府院间者，愿我大总统、我总理力予摒斥”。很显然，“飞短流长的政客”指的就是丁佛言。

接着，长江巡阅使张勋主持徐州会议，请总统罢免“佞人”。随后，又发出电报，公然指责丁佛言挑拨是非，离间府院关系。

当年徐树铮曾用这一套中途吓退唐绍仪，迫使黎元洪让步，如今也同样有效。黎元洪看到电报后，再不敢对抗下去，只好让丁佛言辞职并予以批准。