进入1915年，袁、段在对外政策上也开始出现严重分歧。1915年2月，日本趁欧美国家忙于“一战”，无暇东顾之际，通过出兵方式，夺取了德国原在山东的一切特权。紧接着，又秘密向袁世凯提出了签订不平等条约的要求。

该条约共分为五号二十一个条款，所以被称为“二十一条”。有评论认为，如果中国全部接受了“二十一条”，就会成为亚洲的第二个印度，即日本的保护国；但要是拒不接受，日本也会以此为由大举侵华，而且同样可以把中国逼到亡国的边缘。

在袁世凯、段祺瑞等北洋军人成长的时代，虽然新旧理念已处于交替之中，但社会思潮的主流仍是“中学为体，西学为用”。以段祺瑞为例，在他所就读的武备学堂，熟读经史以“感发忠义之心”，仍是学堂的根本宗旨，熟读并背诵经史，乃每个学生的必修课。

“中学”和经史中的相当一部分内容，都与“国家兴亡、匹夫有责”以及发扬民族气节息息相关。长期处于这种潜移默化的教育之中，使得段祺瑞等人在骨子里普遍有一种保家卫国的民族情怀。早在甲午战争时期，日军进攻威海卫，刚刚学成归国不久的段祺瑞就曾利用自己的专业特长，“督率学生协守炮台”。

得到“二十一条”的相关消息后，段祺瑞立即以陆军总长的名义，领衔十九省将军致电政府，表示坚决反对签约，为此不惜与日本决战。在电文中，他慷慨陈词：“有图破坏中国之完全者，必以死力拒之，中国虽弱，然国民将群体殉国！”

然而袁世凯则有不一样的考虑。此时距离中日甲午战争不过才二十年，在这二十年里，日本的国力和军事实力又得到了较大提升，它能够在日俄战争中取胜就是一个明证。

与日本相比，中国这二十年却过于曲折，不但未怎么前进，大多数时候还在后退，尤其是经过八国联军侵华，已经是元气大伤。辛亥革命后，总算有了一点凤凰涅槃浴火重生的气象，可是若论国家实力对比，恐怕还不及甲午那时候呢。在这种条件下与日本硬碰硬，确实非常困难。

袁世凯是甲午战争的亲历者，北洋政府成立后，还特地聘请了日本人坂西利八郎做自己的军事顾问，当然比别人更清楚中日军事水平的实际差距。发现“国力未充，难以兵戎相见”，他只能在政治策略上动足脑筋，即一面让外交部同日本政府进行谈判，“尽心竭力，能挽救一分，即收回一分之权利”；一面暗中向报界泄露条约的部分内容，以期让英美对日本施压。

这种双管齐下的策略被证明并非完全无效。在“二十一条”的第五号条款里，规定了中国政府必须聘用日本人为政治、经济、军事顾问，以及中日合办警察、兵工厂等。所有条款里面，以它对中国的危害最大，袁世凯称之为“其制我死命最要之点”，因此以今后再行协商为由坚决予以拒绝。迫于多方压力，日本政府不得不做出让步，同意删去此条款。

1915年5月7日，日本政府向中国发出最后通牒，限四十八小时内对“二十一条”做出答复，否则“将执认为必要之手段”。随后日本摆出大战的姿态，陆军纷纷出动至奉天、山东，海军舰队驶进福州、厦门、吴淞、大沽口等处。

5月8日，袁世凯召集政府要员在总统府讨论此事。袁世凯认为既已取消第五号条款，其他条款不是亡国条件，在万得不已的情况下，可以考虑接受。大多数与会要员也都主张接受日方要求，唯有段祺瑞独持异议，他重申要动员军队，对日本示以强硬态度。

5月9日晚上11点，在英美驻华公使都劝告中国“应避免与日本发生正面冲突”的情况下，中国对外宣布接受“二十一条”中一至四号的部分要求。这就是后来签署的“中日民四条约”，该条约使得日本在中国满蒙、山东的利益得到巩固和扩展，但对比原案，损失已降到最低程度。