在“看透孙、黄”这一点上，段祺瑞与袁世凯基本步调一致。他也认为国民党人不听约束，“左又是捣乱，右又是捣乱”。别的不说，当初揪住张案不放，对他又是质询又是弹劾的，不正是国民党籍议员们的所为吗？

议员无兵无勇，相对而言还容易对付，令段祺瑞深感威胁的还是那几个国民党籍都督。早在1913年年初，江西都督、国民党人李烈钧就未经陆军部批准，将采购到的一批枪械弹药由上海运往江西。段祺瑞闻讯密令九江驻军将枪械予以扣留，随后通知李烈钧：“此项弹药已分给各水师军舰。”

李烈钧通电表示抗议，声明购买这批枪械是南京临时政府曾经批准的，只是最近刚刚从上海起运而已。

对李烈钧的通电声明和要求发还枪械的要求，段祺瑞不予理睬，他在相应文件中批示道：“今日李督，通告天下，谓部扣留军械，是李不受善，莫可救药。”

虽然段祺瑞态度强硬，但鉴于李烈钧“多方布置”，“志极坚定”，袁世凯不得不做出让步，指示段祺瑞将扣留的枪械发还给他。

这一事件毫无疑问刺激了段祺瑞。事后，河南都督张镇芳写信给他，对共和政体下的民主表示不满，并建议对国民党人用兵。段祺瑞读信如遇知音，他随即在复信中吐露了自己的心声：“至于党派竞争，不顾大局，非武力镇慑不可，自当密为筹备。”

在准备用武力进行镇慑，以防止孙、黄“捣乱”上，袁世凯、段祺瑞可谓一拍即合。袁世凯在长电中也说：“自信政治军事经验、外交信用不下于人……彼等（指孙、黄）若敢另行组织政府，我即敢举兵征伐之。”

1913年4月30日，袁世凯在总统府内召开秘密军事会议，段祺瑞出席会议，并参与部署军事，其中包括“多购军火，增置募兵”和“分布军队办法”等项。

第二天，由于赵秉钧涉嫌宋案而被迫辞职，袁世凯命令段祺瑞以陆军总长代理国务总理。这一任命被外界解读为袁不惜用武力对付国民党的信号，国内政治气氛瞬间就有了火药味，段内阁也因此被称为“战时内阁”。

5月5日，就参议院对借款案提出的质问案，段祺瑞以代总理身份到部接受质询。当天，他身着陆军上将军服，挎着军刀，昂首挺胸，目不斜视地走进了参议院会场。在国务院席入座后，依旧双手握着刀柄，其神情仿佛不是来回答质询，而是来主持军事会议的。

议员当然也没有这么好吓唬。除了亲袁议员默不作声外，国民党籍议员都对段祺瑞群起而攻之。他们根据“临时约法”发出严厉质问：政府为什么不先咨请国会讨论，就在借款合同上签字？这是非法签字，应判定借款合同无效！

议员们越说越气，开始控制不住情绪。有人跳到凳子上大骂袁世凯破坏约法，欺凌国会，有人拍案高喊打倒袁世凯的口号，甚至还有人向段祺瑞摔掷墨盒。

不管议员们问什么，骂什么，或者摔什么，段祺瑞始终神色自若，傲然不动，一副不屑一顾的样子。

轮到他发言了，他走上讲台，对议员们质问的一大堆问题一个都没有正面作答，只是简单地说了一句：“木已成舟，毋庸再议！现将借款案送交国会确认。”再质问，还是那句话，多一个字也别想。

参议院的质询就这么草草结束了。众议院紧接着也提出了质问案，但段祺瑞的出场和答复方式与在参议院一般无二。

这是段祺瑞自张振武案后第二次接受质询，可以看出他的态度有了明显变化，对议员们的轻慢和蔑视尽在不言中。

当然，袁世凯、段祺瑞也不是真的就敢不把国会放在眼里。自发现国民党在国会占据优势后，他们就采取措施“收复失地”，其中包括组织小党群，以及将共和党、民主党进行合并，组成足以与国民党相对抗的进步党。

小党林立，不仅分散了国民党的势力，而且相当一部分小党都得到了袁世凯的支持和资助，说白了就是袁家党。比如有一个新共和党，党费主要由袁世凯拨付，所以在小党之中最为阔绰。这个党别无党纲，唯知拥袁到底，其活动甚至比亲袁的进步党更加卖力，以至于进步党有时也被弄得啼笑皆非。

质询会期间，进步党和亲袁小党的议员们明知政府理亏，却还跑到休息室进行疏通，要求国民党议员满足段祺瑞的要求，对借款合同予以追认。

国民党议员虽然对段祺瑞轻视国会的态度感到不满，但当场也不能拿他怎样。质询会结束后，国民党本部召集两院的本党议员商量，认为借款合同既已签字，使用国会否决权也来不及了，同时如果使用国会否决权，势必还要对责任人进行弹劾。弹劾案一起，亲袁议员势必不会善罢甘休，在其现有力量已极大增强的情况下，到时弹劾不了不说，所掀起的政海波澜还将无止无休。商量下来，国民党决定对借款案不做硬性决议。

在国民党方面立场松动之后，借款案很快得到众议院的追认。参议院对借款案进行了自由投票，最后也以过半数通过。