随着抗战胜利的接近，军统开始因派系斗争而分裂瓦解。其中一个主要裂痕是原训练班的区分，在临训班和任何其他人之间，这种裂痕尤其明显。军统首期训练班的毕业生，即最早在湖南临澧设立的“特训班”的毕业生，自认为是秘密特工的精英，是“天之骄子”，因此他们准备在战后为自己安排甚至更重要的职位。但1946年3月戴笠的死使他们难以抵挡外人的攻击：在全国战后的通货膨胀不可遏止之时，这些人中的一部分在军统的缩编中被裁减掉了。

为了自卫，张明选、吴菊生、李葆初等20多人当年秋天在重庆发起了一个“滨湖同学会”。刘本钦和邓毅夫在南京又联络了二三百人。尽管沈醉向他们提供了一些资金（他们要沈当会长），但这些特训班毕业生的存亡取决于他们的秘密警察工作。于是，沈醉把李葆初推荐给了毛人凤当人事部门的负责人；把刘本钦推荐给了“国防部”保安局长唐纵当人事头目；把刘子英推荐到“交通警察总局”主管人事。

与此同时，在最上层的军统统一的结构中出现了三个省份派系：毛人凤领头的浙江派，“国防部”副部长郑介民为主的广东派，以及“内政部警察总署”署长唐纵后面的湖南派系。这三个派系起码在表面上都认为应该用阻止其他训练班的毕业生组成自己的校友俱乐部的方式来“抓干部”。但是，尽管毛人凤正式下令只能成立一个统一同学会，他自己却一直以继续任命前临训班毕业生为各省站长的方式，当着湖滨同学会的“靠山”：钱霁林任贵州站长，吕世琨任重庆站长，董士立任西康站长，等等。

总之，军统的末日已经屈指可数了。失去大陆之后，国民党政府开始重新组建特工机构。蒋介石最终以直接的统治取代了秘密的和地下的统治。本来，中统在军事委员会领导之下已经改名为“内政部调查局”。一到台湾，它又被命名为“司法行政部调查局”，简称为司调局，由张庆恩和后来的沈之岳与阮成章领导。另外，军统在抗战胜利后由毛人凤领导，并于1946年夏天改名为“国防部保密局”。但迁到台湾后，它变成了“国防部情报局”，先后由张炎元、叶翔之、汪敬煦、张式琦领导。