中美合作所于1946年3月1日在潘其武与美方参谋签订的合同精神下正式解散。所有物资归军统使用，而美方则协助赶运由军统局指挥的特务武装赴东南占领上海和浙江北部。美方还答应从冲绳向秦皇岛运送3000吨武器，同时向南京、天津和北平的警察部队输送中美合作所警察培训班的毕业生。据说梅乐斯曾告诉戴笠：“日本这个敌人是打败了，但我们还要帮助中国战胜另一个凶恶的敌人，那就是共产党”。

与此同时，对于马歇尔将军主持的和谈，戴笠非常怀有偏见。他说，问题的关键是相对的军事实力。延安跟重庆一样清楚这点，而美国人却异想天开。在这一点上共产党具有优势，因为他们更能对外国人采取温和立场。“共产党的软功夫比硬功夫强，软功夫能迷惑人”，也就是说他们更能迷惑世界舆论。

然而，尽管蒋介石在国内越来越不得人心，但美国公众则越来越拥护蒋，把他看做国统区的最后最美好的希望。当冷战不断加剧时，美国驻华海军参加戴笠反共活动的事实成了一个荣誉勋章，而梅乐斯则越来越像电影“泰利和海盗”里的人物。朝鲜战争停战10年之后，罗伊·斯特拉顿（Roy Stratton）在其著作中曾描述过一种传单（这种据传说曾经出现过的印刷品，似乎没有一份幸存），在对日战争时期它们传遍整个亚洲，向官员、警察和地下分子悬赏“不论死活——100万美元”，来追捕中美合作所的领导人物，因为他们既是共产党也是日本人的敌人。“追捕者是日本军队和中国共产党的部队，被追捕的是戴笠中将，中国国民党秘密警察头子，以及他的美国副手米尔顿·梅乐斯上校（后来以海军中将军衔退休）……在他们手下有10万游击队、25万名海盗，以及3000名美国技术人员和教官，这位中国将军和美国上校让日本人和中国共产党吃够了苦头。他们跟陈纳德（Claire Chennault）将军一起上了东条英机（Tojo Hideki）和毛泽东的死刑名单。”