早在1944年，重庆政府就暗示，汪伪政权中“案情较轻者”可能会受到赦免。其中最突出的大赦例子是蒋介石于1947年3月26日将周佛海从死刑判决改为终身监禁。这之后不到一年，周佛海死在南京老虎桥监狱里，但由于他在战争中努力帮助戴笠，并在日本人投降后在长江下游地区维持了秩序，便多活了11个月。

在处理战时债务的初期，戴笠亲自赦免了一些著名的汉奸，其中有几个是为傀儡政府情报部门工作过的臭名昭著的秘密特工。在有些情况下，如被监禁的“满洲国”电影明星李香兰，戴笠对他们“温柔”相待，给予他们各种特殊的待遇。而在另一些情况下，他则通过中美合作所把他们送到美国侨居。他最臭名昭著的干涉跟那些与汪精卫的寡妇陈璧君有联系的广东汉奸们有关。这些人全都是地方参议，在另一些将其叛国行为揭露出来的议员们的要求下，他们被何应钦关进了监狱。但戴笠声称他们是“地下英雄”，在秘密抗战中立过“丰功伟绩”，把这些“汉奸”转移到了军统的招待所，让他们过着奢侈的“狱中”生活，享受各种优惠，而且既未受审，也未受罚。

最后，约有2720名汪精卫政权的军政要人被处死，2300人左右被判无期徒刑。