政府办的兵工厂由军统负责进行专门的监视，它还控制了部队军火部门的警卫稽查处。结果，地下共产党发明了一套复杂的、类似秘密社会使用的暗号作为识别方法和密码，来保持彼此之间的联系。折成三角形的手帕、迭成三层的方形的布、手表下面系一根白色带子、特别的招呼方式（拍打左胳膊肘并用右手做出中国字“八”的手势、摸一下对方的颈背或耳垂等等），都被用来表示“战斗到底，不被活捉，不恋父母，恪尽职守”。

在蒋庞大的警察国家里，这些都是被压迫者的武器。但尽管共产党人积极在国统区的这些工厂里建立他们的支部，他们的最高领导则对国民党政权的国家军事和保安系统更感兴趣。到了1942年1月，周恩来及其在第二次统一战线下于重庆建立起来的办事处宣称：他们在四川、云南和贵州安插了5000多名特工。他和康生还向蒋的最高级的情报和反间谍机构进行了渗透（国民党中将阎宝航，是周和康领导下的间谍网核心人物，他是蒋介石的一个军事战略首领。）阎将军将希特勒进攻苏联的准确情报提供给莫斯科，把日本在中国东北的整个军事布署拍摄下来，并把日本即将进行的珍珠港空袭通报了斯大林。

另一个致命的渗透活动，是张露萍打进军统的通讯系统，使数百个军统电台站和上千名特工暴露给了共产党。这次惨败当时可能甚至促使了戴笠与美国人结盟，以寻求更好的反间谍措施。

后来还发生了最著名的渗透事件。那是在内战最后阶段的淮海战役时期，军统（那时已经改名为“保密局”）的安徽站由唐玉昆领导。唐领导的主要单位之一是军统在正阳关的办公处，其负责人刘惠生参与了把地方保安团和零散的军事单位合并起来，成立一个由黄埔毕业生廖运升指挥的第一一军的工作。

唐对廖的忠诚持怀疑态度，便命令刘惠生对他进行密切监视。刘马上把军统对廖运升的监视告诉了廖。与此同时，一个共产党情报官员张公侠开始接近刘惠生本人，他劝告刘改变立场并去说服廖运升秘密叛变。自此以后，刘惠生定期向共产党地下特工提供军统的情报报告，向山里起义的游击队们调拨无线电设备，并通过廖运升的安排使第一一军不与共产党部队发生军事冲突。