1945年8月28日，毛泽东赴重庆谈判。9月1日下午，毛泽东由张治中、邵力子陪同前往中苏文化协会，参加庆祝《中苏友好同盟条约》签订的鸡尾酒会并参观苏联图片展览。马寅初以重庆大学商学院院长的身份应邀出席了这一酒会。这是毛泽东与马寅初初次见面。在会上，他们互致问候。会后，毛泽东邀请马寅初去他住处恳谈了2小时。

当毛泽东于1949年3月进北平的那天，马寅初也去西苑机场欢迎，并参加了毛泽东当晚特设的宴会。随后，马寅初参加了新政协会议的筹备工作，并与毛泽东同时当选为新政协常务委员会委员。10月1日，马寅初在天安门城楼上参加了开国大典，亲眼看着毛泽东把第一面五星红旗升上祖国的蓝天。

1951年6月，马寅初出任北京大学校长。是年秋，马寅初在中南海开会，遇见了毛泽东，便对他说：“要兄弟把北大办成第一流的学府，主席您就得支持我的工作。”“马老，您要我怎样的支持？”毛泽东笑容可掬地问。“不要别的，只希望主席能够批准兄弟点名邀请谁到北大讲演，就请不要拒绝！”“这个好办。”马寅初的话音刚落，毛泽东紧接着风趣地说：“我批准了！马老校长，我给你这个‘尚方宝剑’！”马寅初得到这把“尚方宝剑”后，点名邀请了不少党政领导干部到北京大学讲演，如中共中央组织部副部长安子文、中央财经委员会副主任薄一波、中国人民银行行长南汉宸，以至周恩来总理。

1951年国庆前夜，马寅初对即将参加游行的学生说：“明天游行，你们走过天安门时，我一定亲自指给毛主席看，告诉他，这就是北京大学的队伍！”马寅初说到做到。当北京大学学生游行队伍举着红楼模型通过时，他便指着队伍对毛泽东说：“主席，这就是北大的游行队伍。”毛泽东立刻点了点头，不停地向北大游行队伍挥手致意，并回头问：“马老，红楼还是原来的样子吗？”“一切还是原样，丝毫未损！”马寅初回答说，“主席与李大钊同志的工作室也对外开放了。”正谈着，突然下起了大雨。毛泽东看着游行队伍，关切地说：“马老，您的学生淋雨了，我给您派人打电话，通知学校，让食堂给大家准备姜汤！”马寅初感动不已，动情地说道：“谢谢主席关怀！”游行结束后，马寅初坐车返回学校，看见学生正在食堂里喝着姜汤，便兴奋地把天安门城楼上与毛泽东的谈话告诉大家，并鼓励学生说：“同学们今后要更加努力奋进，不要辜负毛主席的关怀。”

1957年3月2日，在毛泽东亲自到会的最高国务会议上，马寅初再次阐述了人口问题。毛泽东笑着说：“人口是不是可以搞成有计划的生产，完全可以进行研究试验。马老今天讲得很好！从前他的意见，百花齐放没有放出来。准备放，就是人家反对，就是不要他讲，今天算是畅所欲言了。”毛泽东的话使马寅初倍受鼓舞。于是在4月27日特地向全校师生作了一个“新人口论”的报告。随后又在这个报告基础上加工整理成《新人口论》一文，发表在7月5日的《人民日报》上。

此后，主席一声令下，所有的矛头全部指向马寅初。马寅初被迫辞去北大校长之职。尽管这样，马寅初对毛泽东的崇敬，仍是真挚的、纯洁的。当他看到学习毛泽东著作的形式主义和庸俗化倾向以及搞毛泽东的个人崇拜时，深感忧虑。在一次会上，有人说《毛泽东选集》四卷一千年两千年后仍可适用。马寅初听了，不禁“毛骨悚然”。他说：“对毛主席的这种恭维，是在搞个人崇拜。这种个人崇拜是毁坏毛主席的‘糖衣炮弹’。”他多次表示，毛泽东是历史上的伟大人物，要吸取斯大林生前被神化身后被指责的教训，不要搞个人迷信。他忧心忡忡地说，搞个人崇拜“是害了毛先生”，“我们要爱护毛主席”！