冯友兰晚年写的自传《三松堂自序》，对自己一生治学和做人，成绩和污点，做了反省。虽然有人认为，他的自我批判并不深刻，对自己的性格弊端缺乏更深揭露，但是同时肯定他的态度还算比较诚恳。

冯友兰这样总结自己的后半生：在“解放以后”，也写了一些东西，其内容主要的是忏悔。首先是对自己在四十年代写的那几本书的忏悔。

冯友兰谈到自己所著的《中国哲学史》，认为自己的书有两个大弱点：“一是，讲佛学失于肤浅，虽一一排列，却缺乏内部联系。这是因为我对于佛学没有学通，所以不能讲透。佛学资料浩如烟海，不是几年能完全搞通的。二是，讲明清时代，失于简略，象王夫之那样的大家，书中只是稍带而过。”

1973年，“文革”中的批林运动转向批孔。冯友兰主动写了两篇批林批孔文章，发表在北京大学学报。不久《光明日报》转载。这两篇文章，也是由谢静宜转给毛泽东。他晚年反思这一行为，在《三松堂自序》中引用《周易》“修辞立其诚”一语，写道：

“如果自己没有真实的见解或有而把它隐蔽起来，只是附和暂时流行的意见，以求得到某一方面的吹捧，这就是伪。这就叫哗众取宠……我在当时的思想，真是毫无实事求是之意，而有哗众取宠之心，不是立其诚而是立其伪。”