1229年2月18日媾和成功后，腓特烈专心致志地去各地视察城寨，他于3月17日抵达耶路撒冷。耶路撒冷总督阿尔-加乌吉在城门前迎接腓特烈。他把耶路撒冷的城门钥匙呈献给这位皇帝，耶路撒冷的交接仪式便告结束。

腓特烈首先去了临近医院骑士团医院的骑士宿舍。他决定把那里当作逗留耶路撒冷期间的住宿地，只有那里可供基督教世界的君主下榻。

耶路撒冷被萨拉丁夺回到伊斯兰统治之下以后，只允许留下医院骑士团运营的“医院”作为前来此地的朝圣者的医疗设施。除此而外，既没有王宫也没有总主教的官邸，防卫耶路撒冷的基地“大卫城塔”也因为以前一直驻屯的伊斯兰士兵要搬走而混乱不堪。

腓特烈来到医院骑士团的住所落脚不久，在晚饭前一刻，又带着少数几个随从去了圣墓教堂。

管理圣墓教堂的僧侣也和在医院骑士团运营的医院里从事医疗的人一样，得到了萨拉丁的许可留在了耶路撒冷。他们也是在耶路撒冷被伊斯兰统治的62年间一直居住在这座圣城里的基督教徒。他们也知道皇帝已经被开除了教籍。因而他们很困惑，不知道该如何迎接这位被开除了教籍但仍是皇帝的人。

可是，腓特烈并不在乎这些。皇帝从心神不定的僧侣面前走过，让跟他来的随从等在那里，一个人径自走向祭坛。他跪在祭坛前，独自祈祷了片刻，随后撂下惊魂未定的僧侣回宿舍去了。

第二天，3月18日，耶路撒冷国王的加冕典礼在圣墓教堂举行。

起初腓特烈打算在加冕典礼前的弥撒开始时就来出席。但条顿骑士团团长赫尔曼向他提出忠告，说一旦他以被开除教籍之身出现在基督教重要仪式上的事情传扬开去，肯定会为身在罗马的教皇与腓特烈的关系中火上浇油。腓特烈采纳了赫尔曼的忠告。

腓特烈在弥撒结束后走进圣墓教堂，参加弥撒的朝圣者们还都留在那里。见到一身正装而来的腓特烈，他们之中极其自然地响起了雷鸣般的掌声和欢呼声。在他们看来，只要能在如今已经回到基督教徒手中的圣城里、在这座建在耶稣基督墓上的圣墓教堂里向上帝祈祷，他们就很高兴了，根本无所谓这是不是由被开除教籍的人实现的。

群众下意识地让开了道，皇帝从他们中间走向祭坛。不过，被允许加冕的只限于负责当地教务的高级神职人员，而常驻圣地的总主教、大主教和主教，当天一个都不在耶路撒冷。

34岁的皇帝用自己的手拿起摆放在祭坛上的皇冠，把它戴在了自己的头上。

这天，圣墓教堂里的人们，没有一个人对这一极不寻常的行为提出异议。条顿骑士团团长赫尔曼事后解释道，腓特烈今天的行为归根结底是皇帝对上帝表示敬意的行为。也许是这个真意不明的事后解释产生了作用。

那天，从长期居住在中近东的诸侯到宗教骑士团的团长们都在座。所以，事后解释只是对那些认为这样就好的人才会有效果。中近东基督教社会的这些实力人物还出席了腓特烈在加冕典礼后召开的会议，会议讨论了今后如何统治耶路撒冷的问题。

会上，腓特烈解释了同阿尔-卡米勒之间缔结的各项媾和条件。圣城已经回到了基督教徒手中，防卫还要靠坚固的城墙和常驻的守备力量。城墙的加固工程已在进行，剩下的就是维持耶路撒冷市内的安全。耶路撒冷四周城墙围绕，里面自古就建有城寨，叫作“大卫城塔”。腓特烈派条顿骑士团进入驻守。

医院骑士团、圣殿骑士团和条顿骑士团是三大宗教骑士团。针对已经回到基督教徒手中的圣城和已被确认为归基督教徒所有的圣地的防卫和安全，腓特烈部署由这三大宗教骑士团负责。

由于媾和决定将阿克萨清真寺原封不动地留给伊斯兰方面，圣殿骑士团回归阿克萨的希望破灭，他们曾一度强烈反对腓特烈。但他们后来看到皇帝对他们所拥有的城寨表现出的强烈关心，不满心情也在一定程度上得到了缓解。

就这样，腓特烈不断地拿出了统治和防卫的方法，就连当初反对媾和的人们也开始配合他了。但耶路撒冷总主教则一直坚决拒绝同他合作。

总主教杰拉尔德不断写信给教皇表达不满，发出叹息，他身居“耶路撒冷总主教”的位置却一直待在阿卡，不去职责所在的耶路撒冷。他把部下凯撒利亚主教派到耶路撒冷去，对圣城采取强硬手段，施以“禁止教务”的处罚。

耶路撒冷对基督教徒来说是最重要的圣城，这座现在已经回到基督教徒手中的圣城，却被施以“禁止教务”这种仅次于开除教籍的重罪处罚。总主教的理由是圣城由被开除教籍的人解放不算真正的解放。

可是，一旦被“禁止教务”，就连内心规矩的基督教徒也都无法去耶路撒冷了。整个耶路撒冷成为禁止入内的地区，最为难的就是朝圣者了。

不过，事情并没有按总主教所希望的那样发展。没有人被总主教的强硬措施吓得逃出耶路撒冷。相反，人们络绎不绝地进入这座圣城的城门。他们排着队，流着感动的泪水，哽咽着走向圣墓教堂。对他们来说，在主耶稣死去的地方献上祈祷比什么都重要。

在此期间，腓特烈每天忙于落实耶路撒冷的统治与安全事宜，尽管他会在心腹面前对那些神职人员的执迷不悟抱怨上几句。

虽说耶路撒冷回到了基督教徒的手里，但以前居住在那里的伊斯兰教徒并没有被一扫而光。“伊斯兰地区”被确定为他们的圣地。以圣地管理人员为首的很多伊斯兰教徒都居住在这座城市里。在与阿尔-卡米勒的媾和协议中也允许这些人继续居住下去。耶路撒冷因媾和回到了基督教的统治之下，从这里撤走的只是以前常驻在这座城市里的守备队即伊斯兰方面的军事力量而已。

耶路撒冷不仅是基督教徒的圣城，对伊斯兰教徒和对犹太教徒而言也是圣城。所以，不论哪方面成了统治者，自古以来三者背对背的分别居住状态都会延续。不管是在统治方面还是在防卫方面，耶路撒冷都要求比其他城市更高的管理技巧。

腓特烈对这个城市进行了统治和防卫。有一个基督徒在这个时期来到耶路撒冷，他的证言反映了腓特烈的管理成果。

这位威尼斯商人有着长期在中近东做贸易的经验，他对腓特烈的来到前后进行了比较，他说道：

“几乎没有发生什么变化。如果非要找出变化，那第一个是大街上看到的守备队士兵从伊斯兰教徒变成了基督教徒，第二个就是基督教教堂传出的钟鸣声比以前更有气势了。”

腓特烈在耶路撒冷逗留了一个星期。

伊斯兰统治耶路撒冷时期的总督是阿尔-加乌吉。因为诸多手续上的需要，腓特烈频繁地接见他。有一天，腓特烈问他：“我来到耶路撒冷后怎么一次都没有听到宣礼声呢？”

前总督回答说，因为接到了阿尔-卡米勒的指示，说在皇帝逗留期间不要宣礼。34岁的皇帝便笑着说：“要是那样，你们有人访问我的领国时，教堂的钟不就不能敲了吗？”

从第二天开始，一天五次，洪亮的宣礼声又从清真寺的尖塔上响起。腓特烈带着部下视察时，天天都会发生这样的事：一听到宣礼声，随从中就会陆续有人当场伏地，开始祈祷。

伊斯兰方面对此很惊讶。他们谁都没有想到，基督教世界的皇帝手下竟然会有如此多的伊斯兰教徒。但当他们看到腓特烈留下那些不断匍匐、起身进行伊斯兰式祈祷的部下，带着其余的人继续视察时，更是惊讶不已。

伊斯兰教徒对逗留耶路撒冷期间的腓特烈有过评价，有几则留存了下来。

其中有一个人说：这个皇帝难道不是无神论者吗？他说，尽管腓特烈会在没有工作的时候去耶路撒冷的基督教遗迹走走看看，但他从来没有在任何地方跪下，也不会感动得泪水哽咽。

居住在耶路撒冷的伊斯兰教徒已经看惯了来访此地的基督徒朝圣者。与那些朝圣者相比，腓特烈也许更像一个“游客”，甚至让人觉得他不是一个基督徒，因为他在“伊斯兰地区”到处参观，见到岩石圆顶清真寺和阿克萨清真寺时，总会为其壮美发出感叹。

还有一个人发出了恶评，说这个皇帝就是拿到奴隶市场也只能卖点零钱。

伊斯兰教徒，尤其是其中的阿拉伯人认为，好男人的肉体，要么是肌肉隆起、骨骼健壮的身躯，要么是肥硕敦实大气的躯体。腓特烈虽然不是肉体贫弱，但也不属于这两种中的任何一种。在阿拉伯人看来，腓特烈的肤色太白，头发也太红，还是卷发，遗传了绰号“红胡子”祖父的模样，很难想象那是一个男人所会有的。