病情转剧，在写给门人的书信里，王守仁坦言自己已经到了不能坐立的地步。（《答何廷仁》）是年十月，他向朝廷呈递《乞恩暂容回籍就医养病疏》，称两广善后已足，望朝廷准予回乡养病。病情讲得具体：当年平定南安、赣州，就已经害了炎毒，一直未能痊愈，去年奉命入广，虽然有医生偕行，但未及半途，医生先害了水土不服，告病辞归了。自己到两广之后，不敢轻用医药，结果炎毒日甚，全身肿痛，咳嗽昼夜不息，饭也吃不下了。每次强吞几匙稀粥，稍多便会呕吐。

病情讲得这般具体而微，按说朝廷总该有几分恻隐之情才是，何况有那么多人都不希望王守仁入朝。朝廷却迟迟没有答复，似乎王守仁的去留问题是一件很棘手的事，而且按官场惯例，称病请退之类的说辞常常都是以退为进的场面话，将病情说得那么严重，难道不是在提醒朝廷自己既有功劳又有苦劳吗？所以上至皇帝，下至群臣，早已养成了透过纸面“参悟”真谛的习惯，很少会有直来直去的交流。再说王守仁每受任命，总会拿出称病、养亲这两个理由来推托一番，谁知道他哪次是真、哪次是假呢？

无论如何，这一次王守仁真的很想回家了，也许是有了什么不好的预感吧。

这段日子里，他拜谒过伏波将军马援的祠庙，还到增城祭祀过五世祖王纲，访问过挚友湛若水的故居，仿佛一个人在弥留之际匆匆完成最后的心愿。

索性不再等朝廷的批复了吧，拖着沉重的肉身，王守仁径自乘舟东返。

十一月二十五日，王守仁度梅岭至南安，登舟的时候，接待了时任南安推官的门人周积。王守仁勉强坐起，咳嗽了许久才慢慢说出话来，关心周积在学问上的进益。

二十八日晚，泊舟青龙铺。翌日，即嘉靖七年十一月二十九日（1529年1月9日），王守仁将周积召来身边，许久才睁开眼睛，说了一句“吾去矣”。周积噙着泪水，问老师有何遗言，王守仁只是淡淡答道：“此心光明，亦复何言。”不多时，一代宗师瞑目而逝，享年五十七岁。

门人奔赴，士民送行，《年谱》有“远近遮道，哭声振地，如丧考妣”的记载。

翌年正月，丧发南昌。钱德洪、王畿当时正在上京参加殿试的路上，才得丧讯，便果断放弃殿试，匆匆返回来为老师主持丧事。门人弟子纷至沓来，绍兴一地，每天都有上百人加入吊唁的行列。身后哀荣，一时无两。

然而居心叵测的谤议从不会随着当事人的身故而消弭，朝堂上的声音仍然在与舆情唱反调。与王守仁素来有隙的议礼新贵桂萼率先发难，挑剔着王守仁临终前擅离职守。世宗大怒，使廷臣开启议罪程序。桂萼等人细数王守仁处置田州事宜失当、擅离职守等等罪过，甚至翻出旧账，盛言王守仁平定宸濠之乱的时候军纪不检、奏捷多伪。（査继佐《王守仁传》）

当然，擅离职守只是小节，意识形态问题才是不容含糊的大是大非。在桂萼等人的“议罪”意见里，最要紧的是一段正邪之辨：

“守仁事不师古，言不称师。欲立异以为高，则非朱熹格物致知之论；知众论之不予，则为《朱熹晚年定论》之书。号召门徒，互相倡和。才美者乐其任意，庸鄙者借其虚声。传习转讹，背谬弥甚。但讨捕輋贼，擒获叛藩，功有足录，宜免追夺伯爵以章大信，禁邪说以正人心。”（《明史·王守仁传》）

这样的意见正是典型的诛心之论，认为王守仁的学术出发点只是标新立异罢了，所以才会在“格物致知”的说法上存心和朱熹唱反调，又明知自己的这套说辞无法服众，这才编辑出《朱子晚年定论》，还号召门徒，你呼我应，搞出很大的声势。总之，他的一切作怪都只为了沽名钓誉，结果真的迷惑了许多人。只是考虑到他确实有些功劳，对他的处理方式也应该留些余地才好，建议追夺他的爵位以彰明朝廷的大信，禁止他的邪说来扭转世道人心。

这番攻讦无论对错，其实很能打动皇帝的心。集权帝国最重视意识形态的整齐划一，无论立哪种学术为官学，只要全国上下都保持高度的一致性就好，反正任何学说在集权统治下都会变得越来越相似。所以，无论阳明心学比程朱理学优越多少、正确多少，只要它以反正统的面目出现，那一定是可憎且可畏的，必须剿杀而后快。更何况王守仁一生致力讲学，门生弟子遍布朝野，单是去绍兴吊唁的就有多少朝廷命官，这绝不是皇帝愿意看到的局面。讲学如同传道，有蛊惑人心、拉帮结派的力量，而皇权只希望治下是一盘散沙，任何思想或利益的凝结剂都团结不起任何人来。

还有一个学术内部的问题，倒未必是世宗和桂萼等人清晰意识到的：程朱理学无论对错，至少给是非善恶提供了一整套的、尽管不很严格的客观标准，而阳明心学专主良知，是非善恶的标准就太容易主观化了。所谓“个个人心有仲尼”，但你心里的仲尼和我心里的仲尼难免会吵起来，换言之，真理愈向内求，标准也就愈容难统一，而如果人人执己为是，执彼为非，都有真理在握的十足自信，这样的社会该怎么运转？