为什么要设立军机处呢？雍正四年（1726年），因西北用兵，为紧急处理军务，考虑“以内阁在太和门外儤（bào）直（官吏连日值宿）者多虑泄漏事机，始设军需房于隆宗门内”，选内阁中书之谨密者入直缮写，以期“入直承旨，办事速密”。以怡亲王允祥、张廷玉、蒋廷锡入值。后改名军机房，再改名军机处。军机处有官无吏，收发文件，登记档案，都由军机章京处理。皇帝召见军机大臣，太监不得在侧。他们办事的值房，严密防范，即使是诸王大臣，没有皇帝“特旨”也不准到军机处值房。值房的帘前、窗外、阶下，均不许闲人窥视。

张廷玉受命定军机处规制：诸臣陈奏，常事用疏，自通政司上，下内阁拟旨；要事用折，自奏事处上，下军机处拟旨，以朱笔批发。从此，内阁大权移到军机处，大学士必兼军机大臣，才能参与政事，日必召入对，承旨，平章政事，参与机密。（《清史稿·张廷玉传》卷二百八十八）因此，利用军机处，清朝皇帝得以轻而易举地控制中枢机要，不使皇权旁落，也杜绝了明朝宦官专权的弊端。

军机处是多大的机构呢？军机处设首席军机大臣一人，军机大臣一般5至7人，少时2人，多时9人。召见时，首席军机大臣以后，不分满汉，而按入值时序为先后。据《清代职官年表》统计，清朝军机大臣，共有147名，其中满63人，蒙古11人，汉73人。在内阁大学士、六部尚书、侍郎等中挑选。下设军机章京，规定满员16人、汉员20人，共36人，不设书吏等具体办事人员，以保证办事的机密。

军机处值房在隆宗门内迤北，俗称军机房，军机大臣在此办公。军机章京值房在隆宗门内迤南，满汉两班，同署办公，分居左右。每日寅（寅正4时）时，军机大臣及章京等依次入直。辰（辰正8时）刻，军机大臣始入见，或不待辰刻而先召见，每日一次或数次，军机章京随入。军机大臣到帝前，赐坐。承旨毕，退出，授军机章京书写。述旨完毕，内奏事太监传旨下达。军机处银印藏大内，印盒钥匙由领班军机大臣佩挂着。

军机处与内阁有什么不同呢？军机处与内阁，既有联系，又有区别。（1）军机处主管重大机密事务，内阁则办理日常行政事务。（2）内阁有衙门，下设六部，各置官署。军机处则为“四不”——不设衙门，不颁发关防，不独立发文，不直接指挥各级军政部门。（3）军机大臣兼大学士掌握军政实权。（4）清制，皇帝谕旨下达，分明寄和暗寄两种：明降谕旨，交内阁办，由内阁通过行政系统下达；暗降谕旨，如朱批奏折，由军机处密封后交兵部，传递到当事官员手里，不经中间环节，一竿子插到底。（5）军机处是一个行动的机构，皇帝走到哪里，军机处就跟到哪里。

明清两朝中枢机构有什么区别呢？明朝政府运作，皇帝之下，设立内阁。清朝皇帝之下，中枢机构，主要有三：

一是王大臣会议。始于清入关之前，有“八大贝勒共议国政”的制度。明藩王在外地，不预政。清诸王“内襄政本，外领师干”，所以清朝“亲贵用事，以摄政始，以摄政终”。（《清史稿·诸王传》卷二百十五）

二是内阁。皇太极借鉴明朝内阁制度，诸王议政与内阁制度并存，入关之后，延续下来，但王大臣议政逐渐淡化。清朝内阁，沿袭明制。设内阁大学士，一般5至7人，多兼六部尚书。官品屡有变化，一般为正一品。下设内阁学士（相当副部或司局级），编制12人，中书（相当于处级），编制为143人。内阁下有：分管不同文字的满本房、汉本房、蒙古本房等。

三是军机处。清代大学士249人，军机大臣147人，大学士兼军机大臣73人，实际为359人。军机处是一个力求准确贯彻皇帝旨意的御前机要处、秘书处。

清朝中枢机构演变轨迹表明：皇权在逐渐强化，满洲贵族权力实际也在强化——决策与执政体系日益闭塞僵化，这种体制可用于维持稳定，但用于创新以应对西方列强挑战，则是弊多利少。此期，一些西方国家在走向议会制，重民权，轻君权。清朝却在强化君权，弱化民权，这是清朝覆亡一个体制上的原因。