1503年1月2日，切萨雷率领全军离开塞尼加利亚。在离开时，切萨雷命军队带着还活着的那两名俘虏走过挂着维特罗佐和奥利维罗托尸体的广场，同时也走过众多面含恐惧敬畏的塞尼加利亚民众。而奥尔西尼家的保罗和格拉维纳公爵，这两名俘虏是被绑在军马拉着的炮台上走完的全程。

一旦行动开启，切萨雷就立刻变得仿佛不知疲倦为何物，他接下来的目标是要一鼓作气将参加马焦内叛乱的全部成员斩草除根。切萨雷的利剑直指向了奥尔西尼家族、佩鲁贾的詹保罗·巴利奥尼、朱利奥·维特里、锡耶纳的潘多鲁夫·佩特里奇等，这些自以为逃过一劫的叛乱余党。

而教皇亚历山大六世则在罗马忙着清理奥尔西尼的残党。1月2日，奥尔西尼家族长老即叛乱主谋老巴蒂斯塔·奥尔西尼枢机主教被关押进了圣安杰洛城堡地牢，他的被捕为此次大规模的报复拉开了序幕。

被这对父子吓得大惊失色的，不仅是参与这次叛乱的当事人，塞尼加利亚事件令整个意大利都为之一惊。威尼斯共和国将大军集结至国境线上的拉文纳，甚至与波吉亚关系良好的费拉拉、曼托瓦和博洛尼亚，也都分别给军队下达了随时待命的紧急命令。法兰西国王路易十二世虽然写信祝贺切萨雷成功镇压了叛乱军，但心里其实并不踏实，路易甚至开始认真地反省，自己与波吉亚是否交往过深以致养虎为患。他觉得自己给了切萨雷太多的自由，这位教皇之子虽然极富魅力，但在不久前还只是个红衣主教，连专属自己的军事力量都不曾拥有。在那波利的法兰西军一直受西班牙压制，势力无从扩张之时，切萨雷越是快速扩张，就让他越发的不满。一向认为意大利半岛迟早是自己囊中物的路易，惊讶地发现自己认定的手下切萨雷竟然挡住了自己的前路。塞尼加利亚事件让路易意识到，自己在意大利遇见了真正的对手。

切萨雷自然也觉察到了路易心境上的这般变化，但无奈于彼此巨大的军事力量落差，依然不能与之为敌，反而是要自制地不给对方任何出兵的理由，而这就限制了他疾风一般的行动能力。

2日深夜，切萨雷率军队进入了科里纳尔多城区。第二天一早出发，向萨索费拉托前进。4日进入萨索费拉托城，与追赶维特罗佐军残党的己方军队会师，后者虽然给叛乱军造成了沉痛的打击，却并未能将叛乱军全歼，部分败逃的士兵逃往了佩鲁贾。

5日，从卡斯泰洛城传来了维特罗佐的弟弟——朱利奥主教已带着维特里家族全员逃往佩鲁贾的报告，报告称乌尔比诺公爵圭多巴尔多也同在逃亡之列。然而第二天的凌晨四点，再次传来消息，称佩鲁贾的詹保罗·巴利奥尼逃向了锡耶纳，去投靠佩特里奇，于是维特里一家和乌尔比诺公爵又得接着跑，到了原定目的地都来不及休息，继续马不停蹄地逃向锡耶纳。

6日早上，卡斯泰洛城和佩鲁贾的市民代表先后抵达萨索费拉托拜访切萨雷，两方均是为了将领主逃跑后的国家献给切萨雷而来。代表们费尽心思讨好切萨雷，主动投诚乞求保护，期望能逃过切萨雷的复仇之刃。

切萨雷对他们解释说，背叛身为教会军总司令官的自己，就等同于背叛位于教会之首的教皇，故而才会以教皇的名义制裁叛乱者。随后，切萨雷打着将卡斯泰洛城和佩鲁贾返还于教会的名义，向实则是献给自己的两座城池各指派了一名队长。切萨雷还顺势与佩鲁贾缔结了军事同盟，强迫对方义务为他提供五百名步兵与领国内要塞的自由使用权。

仅惩处反叛教皇的首恶，而对其治下的领国不伤分毫，切萨雷是这么宣布的，实际执行上也是这么做的。提出这种看上去极其正当的处置原则，是为了从根本上杜绝以法兰西国王为首直至意大利诸国的各方势力对他提出苛责的手段。

随着部队的不断收归整编，又新加入了五百名重装骑兵、八百名轻骑兵、六千名步兵，切萨雷的军队总数几乎扩充到了一万五千人，他带着这支大军终于奔向了最后一位叛乱者，盘踞在锡耶纳的潘多鲁夫·佩特里奇。7日傍晚，军队已进入了阿西西城镇。

此刻的锡耶纳，佩特里奇正费尽心思研究对策。在加入马焦内同盟的人当中，就属他的政治手腕最为老练，可不会像维特里和巴利奥尼一样犯傻，什么也不做就逃跑。首先，他处置了二十名看上去倾向于切萨雷的家臣，全部关入牢中，还处死了其中三名，竭尽全力营造出一种将与切萨雷抵抗到底的架势。但与此同时，他却在背地里向罗马和阿西西派出使节，向教皇宣誓忠诚，对切萨雷言必恭顺，在外交层面上施展着浑身的解数。

但是，8日的晚上，切萨雷在阿西西召见锡耶纳政府派来的特使时说道：

“我的本意绝非要推翻历史悠久、世代传承的锡耶纳，我想对付的仅仅是与我有私仇的潘多鲁夫·佩特里奇，只要锡耶纳将他驱逐出去则可保和平安宁，但若是打定主意要与他共担守土之责，还请莫怪我将不得不付诸武力侵犯贵国领土。”

在接到切萨雷的宣告后，锡耶纳集体陷入了恐慌，共和国政府中也分生出两种意见，坚决同切萨雷对抗到底，或是驱逐领主潘多鲁夫。在田园广场上，聚集着支持佩特里奇的市民们，他们高喊着“狼、自由、潘多鲁夫！”，气势十足。狼是锡耶纳的纹章，也是锡耶纳的代名词，就如同圣马可代表威尼斯，百合代表法兰西一样。然而，现在喊得欢的这群人，很快得把话咽回嗓子里了，据报告称切萨雷已率军攻入了锡耶纳领内的卡斯泰洛城。随后的18日，锡耶纳的人们得知先前被逮捕的两位奥尔西尼家族的保罗和格拉维纳公爵，在唐·米凯罗特的指挥下，被送去了那个世界。四天后，在圣安杰洛城堡，奥尔西尼枢机主教追随两人脚步，被“自然死亡”了。

两则讣告传播的期间，切萨雷也丝毫没有停止向锡耶纳进军。锡耶纳的人们感到军队已近在眼前，政府委员会建议佩特里奇选择逃亡，与此同时，向切萨雷送去使节，传达已决定放逐佩特里奇之事。

1月24日，协定生效。

“在潘多鲁夫·佩特里奇离开锡耶纳的同时，罗马涅公爵将命军队退出锡耶纳领土。锡耶纳共和国政府将维持以往的统治，无须变更，但不得向逃亡者（指佩特里奇）打开城门。佩特里奇的财产受到保护，将由他的家族继承。”

在此，切萨雷十分慎重地只谋求驱逐佩特里奇个人这唯一的成果。毕竟，对于并非教会领地的锡耶纳来说，切萨雷假借的宗教大义行不通。而且他也看出，法兰西国王路易对自己的动作异常紧张，是不会允许他对锡耶纳下手的。但若是路易为了压制切萨雷而选择帮助佩特里奇的话，切萨雷也绝不能将佩特里奇单独做例外处理，参加马焦内叛乱的全员都必须被处刑示众。

锡耶纳共和国的代表与切萨雷已达成了协议，但佩特里奇并没有放弃，同时逃亡中的巴利奥尼也主张继续抵抗。切萨雷命军队深入推进到锡耶纳的皮恩扎，此处距离锡耶纳城仅相隔40公里，并在同一日，给锡耶纳政府委员会发去了最后通告。

“在此向神明起誓，若到黄昏为止还没有将佩特里奇驱逐出城，我们将视锡耶纳全体市民等同于佩特里奇个人，并将展开相应的军事行动。”

到了这个地步，锡耶纳的人们也不再犹豫了。被切萨雷强行送了一张通行许可证的佩特里奇，与詹保罗·巴利奥尼一同向卢卡逃亡，然而竟逃过了切萨雷已伸展到卢卡的势力，从维亚雷焦顺海路奔去了法兰西，寻求法兰西国王路易的帮助。

但是，切萨雷果然所料非空，1月10日，他忍不住对还在自己身边的马基雅维利说了如下的刻薄话：

“咱们的老板法兰西国王，绝不会舍得让我碰一下锡耶纳呀。”

同年的3月29日，通过法兰西国王路易的干涉，潘多鲁夫·佩特里奇又作为锡耶纳的领主大摇大摆地荣归故里。

1月28日，切萨雷结束了全部马焦内相关的善后工作，踏上了返回罗马的路程，但他就好像是自发主动地要看遍意大利中部的每一寸领土一般，命军队以一种与之前行事神速成鲜明对比的、难以想象的缓慢速度行军。230公里的道路用了将近一个月的时间，进入罗马时已是2月末。

在罗马的切萨雷，紧闭宫门，过着只偶尔外出打猎，几乎不与任何人见面的日子。但其实就是在这段时期，他迎来了至关重要的决断时刻。

他已拥有了包括圣马里诺、乌尔比诺、费尔莫在内的罗马涅公国，在他精准的治政方针之下，这个新王国凭他调配，按部就班地稳定发展。民心完全被他所掌握，国土建设也完全在他所托付的列奥纳多·达·芬奇的掌控之下，雄伟计划日渐成真。而更进一步，反向利用了马焦内叛乱的他，顺势借助教会的旗帜成功镇压了翁布里亚和托斯卡纳地区。意大利中部几乎全部的领土，都在他的势力辐射范围内，北至罗马涅、南至罗马在内的拉齐奥地区，他逐渐将占意大利半岛三分之一的地域变成了自己的所有物。现在仅剩完全被切萨雷的势力所包围的佛罗伦萨共和国，他将下一个目标正式转向了佛罗伦萨。

但是，这将不可避免地与法兰西国王路易产生冲突，从以往的例子来看，可以预测到路易的强硬反对。若是切萨雷满足于罗马涅公国，满足于只是继续担当教会军总司令官，这个比较别致的佣兵队长一职的话，说不定路易会睁一眼闭一眼地就此放过他。但是，切萨雷看得却更为高远。佛罗伦萨之后，他将目标定在了那波利王国，若是能拿下那波利王国，几乎等同于拿下了整个南意大利，届时，费拉拉、曼托瓦以及博洛尼亚都将不在话下，唯余一个威尼斯共和国。先对威尼斯动手，还是暂且与威尼斯合作将法兰西人从米兰赶走，此时的切萨雷看上去更倾向于后者。证据在于，威尼斯共和国大使与他会面的次数，远远超过其他人。

只是，眼下当务之急的还是与法兰西的关系。切萨雷终于正式开始着手，准备脱离对他事无巨细干涉不断的路易，然而，此刻的他依然弱小，无法单独抗衡法兰西国王。若想真正地甩掉法兰西，只得与其他强国联手，最终，切萨雷选择替代法兰西的国家是西班牙。

这个想法令教皇欣喜若狂，自年轻时来到意大利以来，随着年龄的增长，老教皇愈发沉浸在对故国的乡愁之中，对儿子的这个决定他是完全赞成。不过，切萨雷却并非因为与父亲有同样的乡愁而选择西班牙，他想要与这个新兴国家联手，完全是基于合理的判断。切萨雷与家人聊天时，会使用瓦伦西亚方言，他也曾按照西班牙风俗举行斗牛仪式，但就像他喜爱佩戴法兰西风格的贝雷帽，却不喜欢法兰西人一样，与父亲不同，他对西班牙并没有额外多一份感伤的关注。

抛开军事力量不谈，切萨雷的理想正在稳步地实现着。而他的军队，先不论是由意大利各国混编而成，同样因优秀而发光，就连威尼斯的陆军，在军队素质上，现在也比他的军队逊色不少。由罗马涅公国内征兵而来的士兵，负有固定期限的军务义务，整体军事素质也在稳步提升。根据切萨雷将征兵军作为自己军队主力的想法，他们在装备上也得到了优待。为了让此前一直是平民的他们能拥有身为兵士的骄傲，切萨雷为其配置了统一的漂亮军服，军服胸口上绣有“Cesar”字样，即切萨雷的名字，全部兵器都是根据列奥纳多·达·芬奇的眼光特别配置。

1498年7月17日，切萨雷脱去了枢机主教的一袭红衣。自执剑而起的1499年秋，他在不到四年的时间里，达到了现在的成就。与法兰西国王的关系日复一日地冷淡，取而代之的是与西班牙的日渐亲近。从无领土也无一兵一卒出发，他那以王国创立为名的野心，已在这位27岁的年轻人眼前，笔墨鲜明地展开了磅礴画卷。他的气魄，正如他命人刻在所属军队的旗帜上的座右铭：

“不为恺撒，宁为虚无！”（Aut Caesar aut nihil.）