南朝的政治控制与经济开发向南深入，扩展到中国南部广大地区，汉族与少数民族的接触联系日益频繁。少数民族与汉族人民联合反抗南朝政府，在联系与斗争过程中，加快了南方各族的融合。

南方少数民族主要有蛮、傒、俚、僚、爨（cuàn）等。蛮族人数最多，占地最广，遍及荆、湘、雍、郢、司、豫、南豫、江等州。蛮人分为两大支。一大支是以虎为图腾的廪君蛮。他们由南郡向东移动，到汉水下游，北接淮汝，南极江汉。其中最有名的是由西阳郡（治所在今湖北黄冈）的五条水得名的五水蛮。另一大支是以狗为图腾的槃瓠蛮，发祥于辰州，由长沙武陵一带北上到荆雍。武陵有五条溪，因此也称为五溪蛮。蛮族生产米谷布绢，与汉人相似。部落解体，社会以户为单位，已进入封建制阶段。不少蛮族酋帅拥有大量部曲。南朝政府设立左郡左县，羁縻统治。这类郡县数目渐增，反映汉族与少数民族接触融合的范围日益扩大。南朝政府一般只从蛮族收纳米谷，不征徭役，所以汉民避徭役者往往逃入蛮中。地方官有时横征暴敛，加重对蛮人的剥削压迫，不断引起反抗。南朝一百七十年中，史书记载的蛮族大小起事有四十余起。在荆、雍、豫三州设立的南蛮、宁蛮、安蛮校尉，就是统帅军队镇压蛮族的武将。政府往往将被征服的蛮族迁出所居旧地，或谪为兵户，或役如奴隶。

傒人分布于江湘两州南部和广州北部，以强悍善战著称。他们可能源于以狗为图腾的五溪蛮，因此称傒，常被诬蔑为傒狗。傒人汉化较早，如东晋陶侃、南齐胡谐之，已和汉族没有区别。

俚人，亦称里人或俚僚，分布于交、广、越诸州，在汉族社会经济文化影响下，已进入封建社会。他们受南朝政府的剥削，与汉族不完全相同，如始兴俚人必须以银纳税。俚人地区物产富饶，有白银、珍珠、翡翠、犀象等。梁末及陈时所辖地域缩小，对这个地区的开发益加重视，往往署当地酋豪为长官，“以收其利”。同时置西江、南江两都护在军事上经济上加以控制。俚人不甘忍受剥削，南朝时起义见于记载者有十八次。

僚人，为南蛮别支。在4世纪中叶自南而北进入巴蜀地区，分布于梁、益两州，僚人与汉人杂居的成为郡县编户；居深山者受世袭的“头王”统治，处于奴隶制阶段。生产以农业为主，南朝朝廷剥削沉重。宋以来僚人屡次起兵反抗。南齐时，益州害怕僚人进攻，州城北门“常闭不开”。梁武帝时，梁、益二州“岁岁伐僚，以自裨润，公私颇藉为利”。被俘的僚人，大都沦为奴隶。

爨人主要分布在宁州（今云南地区）。东晋至梁，朝廷任命的宁州刺史见于记载者，约三十人，然大都遥领，未能到任。地方统治实权，掌握在担任郡守县令的土著首领手里。而大姓爨氏世代为宁州最高统治者，或任刺史，或死后追赠刺史称号。后代因此称宁州当地民族为爨人。爨人分东西两部：东部以朱提郡（今云南昭通）为中心；西部以建宁郡（今云南陆良）、兴右郡（今云南文山）为中心。爨人地区“户口殷众，金宝富饶”，隋唐以后中央朝廷才逐步实现有效统治。