清政府在雍正十一年（1733年）设立定边左副将军（即乌里雅苏台将军），统辖漠北喀尔喀蒙古四部及科布多（今吉尔格朗图）、唐努乌梁海地方，驻乌里雅苏台（今扎布哈朗特），通称外蒙古。

在蒙古族游牧地区，清政府采取随俗而治的方法，仿照满族的八旗制度并加以改造后，实行盟旗制度。旗的长官称为札萨克，掌管一旗之内的军政与民政等事务。数旗合在一起，组成一盟。盟的长官称为盟长，设正副二人，负责主持各旗的会盟事务，并且代表皇帝监督各旗。

喀尔喀四部为北路土谢图汗部二十旗、东路车臣汗部二十三旗、西路扎萨克图汗部十九旗及中路三音诺颜部二十四旗；科布多设置参赞大臣，管厄鲁特、乌梁海十七旗；唐努乌梁海在喀尔喀蒙古西北部，分为五旗（库苏古尔乌梁海旗、托锦乌梁海旗、萨拉吉克乌梁海旗、唐努乌梁海旗和克穆齐克乌梁海旗）和四十六佐领，分别隶属于乌里雅苏台将军、扎萨克图汗部及三音诺颜部。

在第二次鸦片战争后的同治三年（1864年），俄国通过与清政府签订的《中俄勘分西北界约记》，割去了唐努乌梁海西北十佐领及科布多所属阿尔泰淖尔乌梁海二旗。之后在同治八年（1869年）签订的《科布多界约》和《乌里雅苏台界约》两个界约，进一步完善了俄国对这些地区的侵占。光绪九年（1883年）又勘改科布多边界，按《中俄北京条约》划定了两国边界。

光绪三十二年（1906年），清政府设阿尔泰办事大臣，驻承化寺，分管科布多西南部阿尔泰乌梁海、新土尔扈特、新和硕特三部地区。

1911年，唐努乌梁海中部二十七佐领为俄国强占，东部九佐领为当时宣布“独立”的喀尔喀封建领主占领。