明朝时期，云南、贵州、两广、湖广以及四川等地，自然条件差别甚大，民族众多，除居有汉族之外，还有苗、瑶、彝、傣等少数民族，他们的社会发展也极不平衡。我们在前文提到过，元代曾经在少数民族聚居区设立土司制度，进行管理。

明朝初年，太祖朱元璋用几十万大军平定西南各省后，为了加强控制这些地区，于是承袭了元代的统治制度，设置土司进行管理。朱元璋下令，凡是西南夷的世袭首领前来归附的，即用原官授之。为了便于控制，到了洪武末年，这些土司被分为了武职土司与文职土司两个系统，其中以武职土司为主，文职土司为辅。武职土司有宣慰使司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司及蛮夷长官司等，隶属于各省的都指挥使司，再上达到中央政府的兵部；文职土司有军民府、土州、土县，隶属于各省的布政使司，然后再上到中央政府的吏部。明朝中期以后，文职土司地位有所上升，有的也可以统辖武职土司，当时的永昌军民府就辖有四个安抚司与三个长官司。另外还需要说明的是，虽然明朝中央政府规定了文武土司的职官区分，但实际上，土官们并没有依照明朝政府的这一规定按文武分职行事。

土官多数为世袭，少数选用。世袭者是世居本土的酋长，被选用的多为外地流寓本土者。土官的袭替，依例需经批准，九品以上虽在万里外，也应赴京受职。土司还有缴纳赋税、定期向明朝朝贡、修筑驿道、服从征调的义务。如果不遵从法度，朝廷则予以制裁。但对各自境内的治理，则皆因其俗。关于土官的考核，由土官本衙门将土官的事迹验实后，申报布政使司和按察使司进行。土官的升迁，主要是以政绩优劣区分尊卑等差。如果土官帮助朝廷征伐有功，便能擢升较高的职位，官署也可升格。另外，土官级别的高低，还和其所处的地理位置及与朝廷的依附程度有关。地处腹里的土司，接近内地，朝廷威力所及，所授官职就较低；地处徼外的土司，朝廷威力不及或较弱者，则往往授以高职。为有效地控制各级土官，明廷还在土司设置流官佐治。各宣慰、宣抚司中的经历，安抚、长官司及土州中的吏目、土县的典史等官员，大多由流官担任。少数土府州还同时设置了两知府、知州、知县，流官负责掌印，主府、州、县事；土官则专司土民及巡捕盗贼。

据《明史·地理志》记载，有土府十九、土州四十七、土县六，宣慰司十一、宣抚司十、安抚司二十二、招讨司一、长官司一百六十九、蛮夷长官司五。

明朝推行的土司制度，对稳定南疆和对少数民族地区的统治，起了一定的积极作用，但其中存在的弊病也日益显露出来。土司的世袭造成了割据势力的事实存在，而土司之间，为了争夺领地、承袭权力而相互仇杀、内讧的事情，也不时发生，有的甚至导致朝廷需要动用武力才得以平息解决。针对这种情况，明廷于是在一些矛盾比较突出的地区实行改土归流。改土归流的主要内容就是废除土司，代之以府州县及卫所，由中央政府派遣官员前去治理，或者是废除府州县中的土官，全部由流官统治，同时丈量土地，规定所交赋税的数量，设立驻兵进行防守等，从而使整个土官制度纳入地方行政系统之内。例如永乐十一年（1413年），思州（今贵州岑巩）宣慰使田琛和思南（今贵州思南）宣慰使田宗鼎两个人由于争地而相互攻杀，打起仗来。田琛自称“天主”，让黄禧担任大将，率军攻进思南宣慰使的衙门所在地镇远，将田宗鼎的弟弟杀死，并把田宗鼎家的祖坟掘掉。明成祖得知消息后，便命令顾成率领五万大军前去镇压，结果把田琛及黄禧抓捕到京师（南京），田宗鼎自己也来到京师请罪。明成祖将他们三人一一问罪后斩首。之后明成祖裁撤这两个土司，把思州与思南之地分为八府四州，设立了贵州布政使司。又如宣德初年，贵州永从蛮夷长官李瑛死后，无人继嗣，于是明政府便在该地改设流官。嘉靖末年，广西龙州土知州与副使之间发生仇杀，明朝政府平息事件后，即把该地改土归流。万历年间，明朝平定播州土司杨应龙叛乱后，在该地设遵义、平越二府，分隶四川、贵州。但是需要说明的是，因为土官世代相袭，势力根深蒂固，明代在推行这一政策时，一些地方，由于土官的抵制而出现了不断反复的情况。比如四川马湖府在明孝宗弘治年间时，设有流官，到了嘉靖初年，已有两次改土归流的经历，虽然如此，但结果仍是“流官再设而土夷随叛，杀人夺地比昔更甚”，明廷不得不在这一地区恢复土司制度。因此明代改土归流政策的实施，只是开了一个头，这一政策比较彻底和大规模的推行，则是要等到清代中期，部分土司甚至一直延续到了民国时期才完成改土归流。