（1）实土与非实土都司卫所

明代中央政府的直辖版图实际上是由两种类型的地域组成的，一是布政使司府州县系统，一个则是都司卫所系统。

都司卫所，是明代的地方军事机构。在宣德年间，都司卫所的设置成为定制。全国一共有十六都司、五行都司和二留守司。明代的十三布政使司都各有一个都司，长官称为都指挥使，与布政使司同治一地，掌管一省的军政，统辖所属卫所。这十三个都司是：①山东都司，治济南府；②浙江都司，治杭州府；③江西都司，治南昌府；④福建都司，治福州府；⑤湖广都司，治武昌府；⑥山西都司，治太原府；⑦河南都司，治开封府；⑧广东都司，治广州府；⑨广西都司，治桂林府；⑩陕西都司，治西安府；⑪四川都司，治成都府；⑫贵州都司，治贵阳府；⑬云南都司，治云南府。

至于其他三个都司及其所统辖的卫所，全都设置在边地，这三个都司的名称是：①辽东都司，治所在辽中卫（今辽宁辽阳），统辖相当于今天辽宁省的大部分地区；②大宁都司，先治大宁卫（今辽宁宁城西），辖区相当于今天河北长城以北及辽宁西拉木伦河以南地区，永乐元年（1403年），治所内迁到保定府（今河北保定）；③万全都司，治所在宣府左卫（今河北宣化），辖境与今天河北省内外长城间的赤城、怀来以西与宣化、阳原以北地区大致相当。

行都司设在“边境海疆”之地，治所不设在省会城内，用来辅助本省都司，管理一部分卫所。明代先后设置了以下的行都司：陕西行都司，治所设在甘州卫（今甘肃张掖）；山西行都司，治所设在大同府（今山西大同）；福建行都司，治所设在建宁府（今福建建瓯）；四川行都司，治所设在建昌卫（今四川西昌）；湖广行都司，治所设在郧阳府（今湖北郧县）。

留守司主要是为了守护皇陵而设立，长官称为留守。洪武十四年（1381年）在安徽凤阳府朱元璋的老家设置的中都留守司，就是专门守护皇陵的；而嘉靖十八年（1539年）在湖广承天府（今湖北钟祥）设立的兴都留守司，就是为了专门守卫显陵（嘉靖皇帝父亲的陵墓）的。

都司、行都司原来都是隶属于大都督府的，朱元璋为防止中央军权过于集中，在洪武十三年（1380年）下令，分大都督府为五军都督府，于是都司与行都司又改属五军都督府。嘉靖以后，浙江、山东、辽东都司属左军都督府；陕西、四川、广西、云南、贵州都司及陕西、四川行都司属右军都督府；中都留守司、河南都司属中军都督府；兴都留守司、湖广、福建、江西、广东都司及湖广、福建行都司属前军都督府；大宁、万全、山西都司及山西行都司属后军都督府。

在都司与行都司之下，设有卫所。卫所军是明朝的常备军，按卫、所两级进行编制。卫是卫指挥使司的简称；所又分千户所及百户所。明太祖朱元璋在统一全国的过程中，下令废掉元代的枢密、平章、元帅、总管、万户等官号，而把他们所率领的部下，每五千人为指挥，千人为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。

洪武元年（1368年），刘基奏立军卫法，分屯设兵，控扼要害，于是在京师和全国各地便星罗棋布地设立了许多卫所。一般来说，军事重要的一府之地设所，数府地区设卫。到了洪武七年（1374年）更定制度，每卫设前、后、中、左、右五个千户所，如不止五所，则用前前、后后、左左、右右、中前、中后、中中、中左、中右等名。大约以五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所。一卫统领十千户所，一千户所统领十百户所，每个百户所统领二总旗（每五十人为一总旗），一总旗统领五小旗（每十人为一小旗）。卫的长官称指挥使，所的长官叫千户、百户。另有守御千户所，独处一地，以守御某地为名，除少数隶属于卫外，大部分都直属于都司。此外，还有以农牧为主的屯田、群牧等千户所。

卫所又有京卫和外卫的区别。京卫除上直卫亲军及部分非亲军卫外，隶属于五军都督府；外卫即驻在地方的卫所，两直隶的隶属于五军都督府，其他的则隶属于都司、行都司、留守司。另有护卫王府的王府护卫和掌管侍卫仪仗的仪卫司，等级与千户所相同。明朝的卫所置废无常，根据史书的记载，明朝初年有内外卫三百二十九个，守御千户所六十五个，到了明朝末年，变为四百九十三个卫，二千五百九十三个所，三百一十五个守御千户所。

卫所军兵由特定的军户充当，从来源上看，大体可以分为“从征”、“归附”、“谪发”、“垛集”等四类。“从征”就是原来参加农民起义军的诸将所部兵；“归附”就是元朝军队、元末各起义部队和割据势力部分向朱元璋投降的人；“谪发”就是由于犯罪而被罚充军的人；“垛集”就是征兵。其中的最后一类“垛集”，是明朝卫所军队的最大来源。这些军户都别立户籍，称为军籍。在明朝，军籍和民籍是有严格的区分的。军籍属于都督府，而民籍属于户部。卫所军士不受普通行政官吏的管辖，在身份、法律和经济地位上都与一般的平民百姓不同。如果普通的民户中有一丁被招募成为了兵士，他的一家人便要永远从军，不能再脱离军籍，成为世袭，而且还要住在被指定的卫所内。在卫军士除本身为正军外，其子弟称为余丁或军余，将校的子弟则称为舍人。壮丁死亡或老病，便由次丁或余丁替代。如果卫所军士一家已全部死亡，那就必须到原籍勾取同族的人前来顶丁。

明代都司卫所的任务是对外防止侵略、巩固边防，对内镇压人民的反抗、维护中央集权的统治。国家有事，便由中央政府任命将领担任总兵官，率领卫所军士前去征战。等到战争结束后，总兵官返回朝中，军士们则回到自己原来的卫所驻地。

起初都司卫所设置时，是纯粹的军事机构，与地方行政没有任何关系。但后来随着边境府州县的废除，该地民政便归于都司卫所兼管。同时，在不设府州县的地区又设置了都司卫所，既管军事，又负责民政。这些卫所不仅是军事组织，同时也是地方上的一级行政区划，史书上把这部分地区的卫所，叫做实土卫所。其中的卫与府州相当，而所又与州县大致同级。至于内地的卫所，由于设置在府州县境内，军户及屯田错杂于民间，不能自成区域，只是纯粹的军事组织，因此被称为非实土卫所。

在明代的十六个都司、五个行都司当中，也有实土与非实土之分。辽东都司就全是实土，万全都司大部分为实土，大宁都司初治大宁路时全为实土，后来内迁侨治在北直隶保定府境内后，便不再有实土。内地的十三个都司及其所辖的卫所，由于设在各省的府州县境内，绝大多数无实土，仅陕西、四川、湖广、云南、贵州五个都司辖有少数的一些实土卫所。在五个行都司中，陕西、四川行都司全为实土，山西行都司初为实土，正统中内迁山西大同府境内后，变为非实土，湖广、福建二行都司无实土。另外，明代所设的二留守司都无实土。明代后期的政区版图是由两京十三布政使司与辽东、万全两个实土都司所组成的。实土的行都司与非实土的都司都是不被作为政区单位来看待的。

到了清代初年，都司卫所有的被裁废，有的改置为府州县，于是便不存在了。

（2）羁縻都司卫所

羁縻都司卫所是明代在少数民族聚居地区设置的都司卫所，由兵部直接统领。这些机构与正式的都司卫所比起来，中央政府对它们的控制较弱，各级长官都由当地的酋长、族首领担任，明代中央政府发给敕书、印信，让他们各统其众，按照当地的习俗进行治理。这种情况与唐代所设立的羁縻府州十分相似。从地理分布上看，这些羁縻都司卫所主要设置在东北、西北和四川西部、青海、西藏地区，与西南的土司、土府州县同为置于少数民族聚居地区的地方政权机构。

明朝时，东北黑龙江流域是女真人的居住地，明代中央政府陆续在那里设置了一批羁縻卫所，用以统治或控制当地的民族。永乐元年（1403年），明成祖派遣邢枢、张斌等人前往奴儿干招抚，同年在女真各部设置卫所，第二年设立了奴儿干等卫，任命当地的头目把剌答哈担任了奴尔干卫的指挥同知一职。这是明政府在黑龙江下游设立建置的开始。在此后的五年中，相继又建立了一百三十二个卫所。

到了永乐七年（1409年），为了加强对卫所的管理，明政府接受奴儿干卫官员忽刺冬奴的建议，改奴儿干卫为奴儿干都司，任命东宁卫指挥康旺为都指挥同知，千户王肇舟为都指挥佥事。永乐九年（1411年），太监亦失哈等率领一千多名官军，二十五艘巨船，护送康旺等官员到亨滚河口对岸的特林地方，正式设立奴儿干都司，治所就设在元辽阳行省征东元帅府故地特林（今俄罗斯境内的黑龙江与阿姆贡河会合处的蒂尔），奴儿干都司的官员和驻防军都住在这里。奴儿干都司是明代中央政府管辖黑龙江口、乌苏里江流域的最高一级地方行政机构。都司的主要官员初为流官，后为世袭，管辖区域十分广阔，西北起斡难河（今鄂嫩河），北到北山（今外兴安岭），西南接辽东都司界，东包有苦兀（今库页岛），东南达须鲸海（今日本海），南抵鸭绿江、阿也苦河（今图们江），大约包括了今天的黑龙江、乌苏里江、松花江流域，以及外兴安岭以北。永乐九年（1411年），明朝又征服了苦兀，辖境扩大到库页岛（萨哈林岛）。据史书记载，奴尔干都司在全盛时期，曾经拥有三百八十四卫、二十四所、七地面、七站、一寨的规模，明代政府任命当地首领担任各羁縻卫所的都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等职，给予印信，让他们按照原有的习俗进行管理，定时朝贡。各卫所之间一般不互相辖属（参见《奴尔干都司示意图》）。

明代中央政府除了委派官员对奴儿干地区进行管理外，还不时派遣官员到这一地区进行巡察。从永乐七年到宣德七年（1409～1432年）不到三十年的时间里，太监亦失哈等人先后多次巡视奴儿干都司及其附近地区。其中在永乐十年（1412年），亦失哈与康旺等人巡视奴儿干各地以及苦夷（库页岛）诸部落。康旺在奴儿干都司治所特林附近建立了一座供奉观音的永宁寺，并在第二年镌刻了《敕修永宁寺记》碑石。碑文用汉语写成，碑阴则是对碑文的蒙古文与女真文的节译。到了宣德八年（1433年），又竖立了一碑，正面额题《重建永宁寺记》，仅有汉语碑文。两块碑石上面的文字，都记载了明代中央政府设置、管理和经营奴儿干都司的情况。这不仅有力地证明了明王朝当时已对奴儿干地区进行了有效的管辖，而且也反映了这一地区各少数民族之间的相互交流与促进。

明政府为了使命往来、递送公文和输运贡品物资的方便，在元代原有驿站的基础上，恢复了奴儿干通往内地的驿传。主要干线在历史记载中被称为“海西东水陆城站”，从永乐七年（1409年）开始修建，到永乐十年（1412年）正式建成，北起奴尔干都司治所特林之西的满泾站，南抵海西的底失卜站（黑龙江双城县境内），共有四十五个城站，然后经辽东都司直达北京，全长达两千五百公里。

奴尔干都司示意图

明代后期，奴儿干都司实际上已经不存在了，但所属的建州卫等羁縻卫所依然存在。17世纪初期以后，奴儿干各卫逐渐为努尔哈赤建立的后金所统一。

西北嘉峪关以西、哈密以东，明代时是畏兀儿等族所居住的地区。明代对西北地区的经营，是明代对北部边境防御体系的一部分。明代初年，每次派兵出征蒙古，其西路军的进军方向就是西北地区。明军攻占一地后，为加强对那里的管辖，往往设置羁縻卫所，招抚当地各族首领，命将屯兵据守。

明太祖洪武年间，曾先后设置了河州（今甘肃临夏）、西宁、岷州（今甘肃岷县）、洮州（今甘肃临潭）等卫。在其西境撒里畏兀儿安定王领地，设置了安定、阿端、曲先三卫（都在今青海西北部）。在嘉峪关以西设置了罕东（今青海青海湖东附近）、赤斤蒙古（今甘肃玉门市西北）等卫。到了永乐初年，沙州（今甘肃敦煌）蒙古部众降明，明成祖又下令设置沙州卫。之后又在明代通往西域的要道上设置了哈密卫。

哈密，即今天的新疆哈密，其地处西域要道，“东接甘肃，西距土鲁番，为西域诸国之喉咽”。因此，明代对这个地方非常重视。洪武年间，朱元璋因哈密国王兀纳失里阻遏西域朝贡使者，曾发兵攻破其城。明军撤回之后，兀纳失里继续统治其地，并向明王朝进贡。明成祖朱棣即位后，即遣使到哈密进行招谕。永乐四年（1406年），设哈密卫，封授当地畏兀儿、哈剌灰等族首领为指挥、千户、百户等职，又派汉人官员前去协同处理当地事务，目的是“欲其迎护朝使，统领诸番，为西陲屏蔽”。

哈密卫建立后，明成祖便以此为据点，招致别失八里等部，加强经济与政治方面的联系与控制。由于当时哈密是西域诸国贡使通往明王朝京师的必经之地，因此哈密成为了明代的西陲重镇，也是统治和管理西域诸国的政治、军事与经济重心。

宣德十年（1435年），沙州卫被迫东移苦峪（今甘肃安西东南锁阳城），正统十一年（1446年）又内迁至甘州（今甘肃张掖）。之后阿端卫也被废掉了。成化年间，吐鲁番已日益强大，屡占哈密，后来蒙古亦不剌、阿尔秃厮部进入青海一带，安定、曲先、罕东等卫部众先后散亡。嘉靖初年，哈密卫最终被吐鲁番所吞并。至此，明代在西北地区设置的羁縻卫所全部丧失了。

明代对四川西部、青海、西藏一带的藏族地区所采取的统治措施，基本上沿用元代的旧制，但也作了一定的变动。在开国之初，朱元璋就采取因其俗尚，以宗教方式进行化导的统治政策，来“制御”西藏。洪武二年（1369年）平定陕西后，即遣使进藏，广行诏谕各地首领。第二年，明朝大军攻下元朝吐蕃等处宣慰司的治所河州后，震惊了藏区原先元朝所委任的大小官吏。他们纷纷表示归附明朝政府。洪武六年（1373年），故元乌思藏摄帝师等藏族首领到南京拜见朱元璋，明朝即对他们授予官职，并在藏区设立朵甘卫、乌思藏卫和河州卫，后来朵甘卫和乌思藏卫又升为朵甘都指挥使司和乌思藏都指挥使司。朵甘都指挥使司的辖区与元代朵甘思宣慰司相同，乌思藏都指挥使司的辖区则与元代乌思藏宣慰司相同。在这两个都指挥使司之下，设置有指挥使司、宣慰司、招讨司、万户府、千户所等机构。对乌思藏西部的阿里地区，明朝还设置了“俄力思军民元帅府”加以管理。到了明代后期，又改朵甘与乌思藏两个都指挥使司为同名的宣慰司。

从表面上看，明代在藏区所设置的都司卫所采用的是军事管理方式，但实际上这不过只是一种名义而已，真正在藏区发挥管理效用的还是那些不同派别的喇嘛首领，因此，明代统治者还实行多封众建政策，不断给这些宗教首领加封“国师”、“西天佛子”等名号，让他们按照当地原有的习俗进行统治，化导民众，共同尊奉明王朝。正是由于这一缘故，在整个明朝时期，西藏地区一直非常安定。