明初定都南京，朱元璋在洪武年间，改行中书省为承宣布政使司，并罢中书省所领府州，直隶于六部后，全国除京师（南京，治应天府）和少数民族地区外，分为北平、山东（治济南府）、浙江、江西、福建、广东、广西、湖广、四川、陕西、河南、山西（治太原府）等十二个布政使司。洪武十五年（1382年），又增设云南布政使司，共计十三布政使司。

到了永乐元年（1403年），明成祖朱棣建北京于顺天府，称为“行在”。同年二月，罢北平布政使司，以其所统府州直隶北京行都。永乐十九年（1421年），又罢北京行都，改北京为京师，正式迁都北京。明成祖迁都北京后，以南京作为留都，于是明朝有南北两京，所属府、州、县，都直隶于两京六部，号称南北二直隶。另外，在永乐五年（1407年），明成祖设置了交阯布政使司，但是到了明宣宗宣德三年（1428年），交阯布政使司便被罢除了。明成祖还在永乐十一年（1413年）设立了贵州布政使司。因此，终明之世，全国共有十三个布政使司、两直隶，俗称为十五省，为明直辖地区的行政区划。

明代在改元代行省为布政使司的过程中，除去元代的岭北行省大部分不在明代统治的区域之内、辽阳行省又分属奴儿干都司及山东布政使司境内的辽东都司外，元代行省的辖区范围成了划分明代十五省的基础。例如：京师和山东、山西二布政使司分自元代的中书省统辖区域；南京的范围为元代的河南行省（今安徽北部和江苏北部）与江浙行省（今安徽南部、江苏南部及上海市）所辖区域；广东布政使司的辖区是由元代的江西行省（今广东大部）与湖广行省（今广西钦州、合浦地区及广东留州半岛和海南岛）的领地组成的；陕西布政使司占据的是元代陕西、甘肃（今甘肃嘉峪关以东部分）两个行省的地区；四川布政使司在设置时并入了部分元代云南行省（今四川大凉山以西及金沙江以西、以北地）的辖地；而湖广布政使司则并入了元代河南行省（今桐柏山以南、长江以北湖北大部）的领地，虽然两广部分已经分出，但仍然习惯上以湖广相称；浙江布政使司辖区大部是元代江浙行省的所统地区；贵州布政使司则是将云南、四川、湖广三布政使司的相邻区域各划出一部分而组建的（参见《明代两京十三布政使司示意图》）。

明代两京十三布政使司示意图

从上面的划分情况可以看出，明代虽然将元代以犬牙交错方式划分的行省界线大都废除，但同时又形成了新的犬牙相入形势。下面就让我们来具体分析一下其中的几个典型例子。

第一个例子是南京。由于明太祖朱元璋把都城定在长江南岸的金陵（今江苏南京），而他本人的老家又在淮河以南的凤阳（今安徽凤阳），因此，他就别出心裁，划出了一个以金陵和凤阳为中心，包括淮北、淮南及江南三个不同地域的大南京。长江与淮河在历史上是重要的行政区划分界线，在元代之前，几乎没有出现地跨长江或者是淮河的行政区划，而元代的江淮行省地跨长江南北、河南江北行省据有淮河两岸，在当时已属很极端的犬牙交错分界方法了，然而，比起朱元璋这次所做的把长江、淮河两大区域全都越过，也只能是小巫见大巫了。因为南京的辖区过大，致使其南面的邻省浙江的领地面积极为狭小，省会杭州就紧挨着省界。可能是后来朱元璋也意识到了这个问题，于是他就采取了补救措施，把南京辖区之内位于太湖以南的湖州、嘉兴二府划给了浙江，使浙江的辖区不致于太过局促。这样一来，虽然浙江的问题解决了，但是使朱元璋没有想到的是，这种做法又违背了政区划界中的山川形便原则，让太湖流域这个在历史上从来都是处于一个单一政区之中的地理单元，分属于两个不同的行政区划，形成了太湖流域的分割局面，清人顾炎武在论及这个现象时，形象地将之比喻为把人拦腰斩断。到了清代，虽然人们已认识到南京辖区过大，但是基于财赋均衡等方面的考虑，没有采取自南而北按照河流流域的划分，最终还是将南京从北向南分成了东西两部分，从而形成了我们今天的江苏与安徽二省的界线。

再一个例子是河南省。明代河南省的北界，不像其名称所示的一样位于黄河南岸，反而却向北越过黄河，与京师（北直隶）的南界形成了典型的犬牙交错形状（参见《明河南京师边界示意图》），出现了河南省领有河北地的奇怪现象，这是当时明王朝建立时所采取的由南向北的军事行动所遗留的后果。这条界线一直延续到新中国建立。后来虽然将这条界线由曲线调整成了直线，但河南省辖有黄河以北地区的情况，仍然没有根本改变。

明河南京师边界示意图

还有一个例子是贵州省。明代贵州省的边界非常特殊，北面的四川省如同一柄锋利的尖刀，向南一直插入贵州省的腹地，把遵义、瓮安、余庆等地据为己有，这就使得贵州省的北界向内凹进了一大块。之所以会出现这种情况，主要是因为贵州在当时是一个新设立的省区，中央政府为了加强控制而采取了这样的划界方法。

最后一个例子是广东省。宋代广东的海岸线无法与广西相比，因为今天属于广东的高州、化州地区、雷州半岛及海南省，都是当时广西的辖区。元代设立湖广与江西两个行省时，就是承袭的这一分界线。不过，元代又曾把原来宋时的广西沿海地带，即当时的高、化、雷、钦、廉等州和海南岛单独划出，设立了海北海南道宣慰司，隶属于湖广行省之下。明朝建立后，虽然设置了广东与广西两省，但是并没有恢复宋代的原有分界，而是把元代海北海南道宣慰司所辖区域，划到了广东省的辖区范围之内，形成了广西省没有一点海岸线、而钦廉地区又几乎和广东省无法相连的奇怪划分。这一犬牙交错的分界线，一直延续到民国时期。新中国成立后，改变了这种现象，使钦廉地区回到了广西省的怀抱。

明代两京十三布政使司之下的地方行政机构与区划，大体继承了元代行省以下原有的路、府、州、县之制，但有所简化，取消了路的建制，只设府、州、县三级。

明代的府隶属于京师或布政使司，其下或者辖州，或者辖县，或者州县并辖，是地方上的二级行政机构和区划。府的长官，叫做知府，一名太府，又依照古官名被尊称为太守。明代初年，共设置有一百五十九府。洪武六年（1373年）规定，纳粮二十万石以上为上府，二十万石以下、十万石以上为中府，十万石以下为下府。这些府又有繁冲简僻之分，繁冲就是繁剧冲要，简僻就是政简地偏。另外，在边远地区以府兼辖军户的，称为军民府，其地位比府要高，其中部分为土府。

明代的州分为两种：一是直隶于京师或者是布政使司的，称为直隶州，地位与府大体相同，其下或者辖县，或者不辖县；一种是隶属于府的，称为属州，地位与县大体相同。但多数属州也领有县，实际上这种属州的地位介于府与县之间。明两京十三布政使司一共辖有二十多个直隶州（不包括土职），辖境一般比府要小。属州每府数量不一，大致是一到六个，有不少的府不辖属州。另外，还有个别的州隶属于都指挥使司，像辽东都司原来主要安置内属女真人的安乐（今辽宁开原）、自在（今辽宁辽阳）两州就是这样。明代中期，共有二百三十四个直隶州与属州。明代州的长官称为知州，又常常依古官名尊称为刺史、州牧或者是州令。

明代的县，隶属于府、领县的直隶州或属州，长官称为知县。县也同府一样，按纳粮的多少为标准分为三等：纳粮十万石以上为上县，六万石以下、三万石以上为中县，三万石以下为下县。据史书记载，明代中期，共设有一千一百七十二个县。知县与知府、知州合称为牧民官、亲民官或者是临民官。

此外，府、州、县除了隶属于布政使司外，还受布政使司、按察使司的派遣机构分守道、分巡道、整饬兵备道的节制。