元朝建立以后，藏族地区也先后归附蒙古，成为元代版图的一个组成部分。此后，中国虽然又经历了几次王朝的兴替和政权的更迭，但西藏却一直处于中央政府的管辖之下。元代称藏族分布的区域为吐蕃。

1260年，忽必烈继帝位，当年即封吐蕃萨迦派高僧班智达·贡嘎坚赞的侄子、萨迦派法王八思巴为国师（1269年又晋封为帝师），让他负责管理全国的佛教事务。1264年，元代中央政府设立总制院（1288年又改称为宣政院），是与中书省（掌行政）、御史台（掌监察）、枢密院（掌军事）平行的中央机构，“掌释僧教徒及吐蕃之境而隶治之”。具体来说，宣政院的职能主要有以下几个方面：一、负责对藏区的军事管理。吐蕃地方的一般军事行动，都由宣政院处理。二、举荐官员。吐蕃地区各个机构中的高级官员，如宣慰、宣抚、招讨使等，都由宣政院或帝师举荐中央任命。三、管理驿站。为了加强对吐蕃的管理，元代曾先后三次派官员到藏区清查户口，并陆续在藏区设立了三十多个驿站，负责传送公文，支应过往官员食宿、马匹等事宜。四、负责对佛教事务的管理。

由于吐蕃属宣政院直接统管，是与元朝的十一省并列的一级行政区划，所以在那里不设行省。吐蕃当地的最高地方权力机构，是分别设置在“吐蕃三区”（也称为“吐蕃三道”）的由宣政院统辖的三个宣慰使司都元帅府，具体名称分别是“吐蕃等处宣慰使司都元帅府”、“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”及“乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府”。

藏语称今天青海一带藏族地区为“朵”，称今天青海东部的地区为“朵思麻”（又作脱思麻、脱思马、秃思马、朵哥麻思），就是“下朵”的意思。吐蕃等处宣慰使司都元帅府，设置于蒙哥汗时期（约1253年），辖区主要是除去西宁州（西宁州因为被划为驸马昌吉的封地，故不属宣慰司）之外的朵思麻，大体与今天的青海东部与南部、甘肃西南部和四川阿坝自治州等地相当，因此又简称为朵思麻宣慰司，治所设在河州（今甘肃临夏）。其下统领朵思麻路、河州路、洮州元帅府（今甘肃临洮）、积石州元帅府（今青海循化）、贵德州（今青海贵德）、礼店文州元帅府（治礼店，今甘肃礼县）、松潘迭宕威茂州宣抚司（今甘肃川北）等地区。朵思麻地区为元代内地通往乌思藏的驿路所经之处，经常有使者、僧人、商旅在此路过。

吐蕃等路宣慰使司都元帅府，设置于元世祖时期（约1280年前后），管辖的区域主要是朵甘思之地，相当于今西藏自治区昌都地区东部，四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的一部分，因此又简称为朵甘思宣慰司。其下统辖朵甘思田地里管军民都元帅府，碉门（今四川天全）、鱼通（今四川康定）、黎、雅、长河西、宁远等处军民安抚司，朵甘思、哈答（今四川泰宁）、李唐（今西藏理塘）、鱼通等处钱粮总管府；另外，还有剌马儿刚招讨司、奔不招讨司、奔不儿亦思刚、亦思马儿甘万户府等。

乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，大概与吐蕃等路宣慰使司都元帅府同时成立于1280年前后，起初称为乌思藏宣慰使司都元帅府，1292年元代中央政府又将西部的阿里（即纳里速）地区划入，才称为乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，简称为乌思藏宣慰司，统辖吐蕃本部的前、后藏及阿里地区，包括今西藏自治区除昌都地区以外的大部分地区。“乌思”、“藏”及“纳里速古鲁孙”都是藏语的音译，分别是指前藏、后藏与阿里三部。乌思藏宣慰司下辖十三个由僧俗居民组成的万户。

在相关的藏文史籍中，也讲到在元代时，曾经把藏族地区划分为三个“喀”，从阿里地区到索拉甲沃（在今西藏自治区那曲地区索县）为一个却喀，从索拉甲沃到黄河河曲为一个却喀，从黄河河曲到汉地的大白塔为一个却喀，这三个却喀的地域与元代在藏族地区设立的三个宣慰使司都元帅府的辖区大致相符，为我们了解元代藏族地区行政区划的实际情况又多了一条途径。

元代治理藏区的官员，一般由当地藏人担任，不过这些官员都必须经宣政院或者是帝师的举荐，然后由皇帝任命。另外，对于这些地方官员，元代中央政府通常采取“军民通摄”、“僧俗并用”的策略，这是西藏政教合一制度的开始。