我们在前面已经说过，元代在地方上的最高行政区划是行省，在行省之下又有路、府、州、县等级别的区划。然而由于元代的行省大多辖区较广，中央政府时常感到鞭长莫及，因此，为了加强管理，便在离行省中心较远的地区，又分道设立宣慰司，负责协调临近路、府的军民事务。元代一共有山东东西道（治益都路）、荆湖北道（治中兴路）、湖南道（治天临路）、海北海南道（治雷州路）、河东山西道（治大同路）、四川南道（治重庆路）、广东道（治广州路）、福建道（治福州路）、淮东道（治扬州路）、浙东道（治庆元路）、广西两江道（治静江路）等十一个宣慰司道。宣慰司道向上承接省的政令，向下传达到各县，然后又将各县的一些请求向上传递到省，承上启下，兼有行省派出机构和介乎省、路之间一级行政机构的职能，因此，宣慰司道也被当做省之下的一级行政区。

在边疆少数民族聚集区，还设有宣慰司。如在云南行省就设有罗罗斯（治建昌路）、乌撒乌蒙（治乌撒路）、曲靖（治曲靖路）、临安广西元江（治建水州）、银沙罗甸（治银沙罗甸）、大理金齿（治永昌府）及八百（治八百）七个宣慰司；在湖广行省设有八番顺元（治贵州）宣慰司。从这些宣慰司所统辖的路数与管辖范围的规模来看，都比不上上面我们所提到的那十一个宣慰司道。再有，由于这些宣慰司主要用来协调军事方面的事宜，因此，又常被称为宣慰使司都元帅府。虽然名称有些变化，但是其长官仍叫宣慰使，并不被授予元帅的头衔。

另外，在少数民族居住区还设置有宣抚司、安抚司等，由宣慰司统领。比如湖广行省就设立了顺元、播州、思州宣抚司，庆远南丹、乾宁安抚司；云南行省也设立了丽江路、威楚开南、广南西路宣抚司；四川行省也有叙南宣抚司与永顺安抚司等。

这些设在少数民族地区的宣慰司、宣抚司与安抚司等官员的正职都设达鲁花赤，而副职则由土人担任，因此又被称为“土司”。兴起于元朝的土司制度，是中央政府在少数民族居住区所实行的一种特殊政策，它不同于自秦汉以来在少数民族地区所实施的羁縻政策，即中央政府不在少数民族地区设立正式的行政区划，而是让当地的部族首领自行治理。元代土司职位是世袭的，但在承袭时要得到元代中央政府的批准，不然就要兴师问罪。史书上就记载了这样一件事。在至元十七年（1280年），土官亦奚不薛生病后，没向皇帝禀告便自行将他的官职转给了他的从子。元世祖得知后，非常生气，斥之为“无人臣礼”，发兵讨伐。亦奚不薛见此情况，只得亲自出面，向世祖谢罪，元军才撤回都城。这说明了元代中央政府对土司的控制还是有一定的力度的。总之，土司制度与羁縻政策相比较，治理的方式显然进了一步，已经将间接统治变成了直接统治，虽然这种管理与汉族地区设置的正式行政区划还有一定的差距。