虽然凤阳没能成为首都，但朱元璋的崛起，仍然使它的政治地位得到极大的提升。

早在吴元年收复濠州后，朱元璋马上升濠州为临濠府。为了配合兴建中都，洪武四年，朱元璋扩大濠州的辖地，使临濠的领地由四县一下子扩展为九州十八县。洪武七年又更名为凤阳府，这一新府管辖亳州、颍州、太和、颍上、霍丘、寿州、怀远、蒙城、宿州、灵壁、天长、盱眙、泗州、虹县、五河、定远、凤阳和临淮等十八个州县，成为一个跨淮河两岸，占地广大的行政区。

罢建中都之后，作为龙兴之地，凤阳地位仍然非同寻常。洪武十四年九月，朱元璋于此设置中都留守司，所设正留守，位高权重，“例以皇亲协守”，“勋臣非在戚里，不得与也”。此外，凤阳还设有察院巡按行台、河南按察兵备行台等政府机构及一系列皇陵祭祀机构，除此之外，凤阳还是江北四府三州的乡试之地。各类官员合计达一千四百人（《朱元璋与凤阳》），各级吏员总数达数万。

朱元璋还以凤阳作为皇子的教育基地，经常派自己的孩子们回老家体验生活，忆苦思甜。早在吴元年（公元1367年）十月，他就令刚刚十三岁的世子朱标前往临濠谒祀祖宗陵墓，“以知鞍马之勤劳”，“衣食之艰难”，“风俗之美恶”，“吾创业之不易也”。

洪武八年（公元1375年）十月，又命皇太子朱标和秦王、晋王、楚王、靖江王等王子“出游中都，以讲武事”。洪武九年二月，因秦王、晋王、燕王即将就藩，朱元璋命皇太子带他们前往凤阳，“观祖宗肇基之地，俾知王业所由兴”。十月，又诏秦王、晋王、燕王、吴王（后改封周王）、楚王、齐王练兵凤阳。

洪武十一年（公元1378年）三月，诏秦王、晋王就藩，仍令燕王、周王、楚王“还驻凤阳”。从此，“诸王之国，皆令诣辞皇陵而后行”，便成为“定例”。为了给皇子提供阅武练兵的场所，朱元璋于洪武十四年特命驸马都尉黄琛在凤阳独山之前开设一个“广三里”的演武场，令诸王在这里操练二三年或六七年，然后就藩。此后，在洪武十八年，遣湘王朱柏、鲁王朱檀、澶王朱梓就藩，又命蜀王朱椿还驻凤阳，“阅武中都”。

朱元璋还将凤阳用作囚禁犯罪宗室的地方。朱元璋的从孙、朱文正之子朱守谦，因事被朱元璋废为庶人，“使居凤阳力田，冀其知稼穑艰难而思所以保富贵也”。由于这一先例，后来的明朝皇帝，都把犯罪的宗室遣送凤阳囚禁。到明末，此处共关押过一百一十六批皇族。

由于以上种种设施，中都虽已罢废，但这个经济文化本不发达，交通也并非十分方便的凤阳，仍然成为淮河流域的政治经济文化中心，成为大明政局中一个特殊而重要的城市，对明朝的政治、经济、军事和社会生活等各个方面，一直有着重大影响。这一格局延续到明末，波及清代。