基督教新教的来华，远较天主教和东正教为晚。17世纪初，荷兰殖民主义者侵占我国领土台湾，荷兰传教士也接踵而至，在台湾传教20余年，曾发展教徒千人左右。1622年，郑成功收复台湾，将荷兰殖民者驱逐出境，新教在台湾的传教活动即随之终止。19世纪初，随着西方殖民主义的扩张，新教兴起大规模传教活动。新教各宗派相继成立向国外布道的差会组织，致力于世界各地、特别是亚洲和非洲地区的传教活动。在传教过程中，一些传教士充当了殖民主义和帝国主义侵略的先锋和谋士，通过传教为殖民扩张和殖民统治效劳。基督教新教传教士就是在这样的背景下来到中国的。

1807年(嘉庆十二年)，英国伦敦布道会派遣马礼逊来中国，是为第一个到中国大陆的新教传教士。马礼逊是英国诺森伯兰人，1804年加入伦敦布道会，1807年被按立为牧师，同年9月到达广州。来中国之前，他曾向一个名叫容三德的中国人学习中文，并在不列颠博物馆借出一本《圣经》的天主教中译本，亲手抄录30页。容三德替他抄录到《希伯来书》为止。他把这个抄本带到中国，作为翻译《圣经》的依据。1809年，他任广州东印度公司商馆中文翻译兼秘书，此后25年一直以这一身分为掩护，一边从事商务，一边传教著书。他的传教活动始于编著宣教小册子，曾著有《神道论赎救世总说真本》、《问答浅注耶稣救法》、《古时如氐亚国(即犹太国)历代略传》、《养心神诗》等。因为广州清朝官吏严禁传教印书，又受到天主教势力的排挤和英属东印度公司的反对，马礼逊只得将印刷工作放到马六甲。他从1810年开始翻译《圣经·新约》，并刻版刊印他修订的《使徒行传》中译本。1813年，伦敦布道会派遣牧师米怜来华与马礼逊一起活动。他在马六甲创办印刷局，刊印马礼逊译成的《新约》及其他译著。1815年，他们在马六甲建立英华书院(后迁至香港)，培养传教人员和刊印传教印刷品，作为对华传教的基地。米怜还开办中文月刊《察世俗每月统记传》和英文刊物《印度支那拾锦》。同时，在米怜的协助下，马礼逊开始翻译《圣经·旧约》，当时取名为《神天圣书》。全书于1819年译完，1823年刊行，史称第一部基督教新教《圣经》中译本。马礼逊在译书过程中编著《华英字典》，由东印度公司出资于1815—1823年间陆续刊印，此为第一部汉英词典。马礼逊死于1834年，前后在中国传教27年，还著有《新约历史总纲》、《赞美诗》、《圣教问答》、《天国之道》、《公用祷文》等19种大小作品，这方面他堪与明代的利玛窦相媲美。

梁发

但在传教活动中，马礼逊却遭到中国人的冷眼，因而领洗者寥若晨星。至1814年他才在澳门收得第一名新教信徒蔡高。蔡高后遭天主教陷害，病死狱中。1816年，梁发在马六甲由米怜施洗入教，成为第二名中国信徒。次年，米怜又收纳另一名中国信徒屈昂。梁发在1823年底由马礼逊按立为新教宣教士，一般称为第一个新教华人牧师。梁发幼年读过村塾，15岁进省城做雕版工人，1810年起，不顾清政府严禁外国人及其雇员秘密印发书籍传教的禁令，私自为马礼逊刻印《圣经》中译本。1824年，他继承马礼逊在广州的传教工作，经常利用生员在省城考试的机会，散发《圣经日课》和他自编的布道小册子。在宗教信仰上，他夹杂有中国传统的儒、佛、道的影响，即马礼逊所说的“异教色彩”，但仍是一个虔诚的教徒，热衷于传教布道。他著有多种通俗布道书，其中最重要的是1832年由马礼逊校订印行的《劝世良言》。该书包括九种小册子，并不是对《圣经》和基督教教义的系统宣讲，只是在60多个互不联贯的小节中，摘引《圣经》的某些经文，针对中国的习俗和时弊，附会儒家经典和历史典故，通俗地阐发基督教教义。书中反复宣传的，是崇拜“神天上帝”、相信耶稣赎罪、反对偶像邪神以及天堂地狱、赏善罚恶等说教，只是一本浅薄的布道书。但就是这本书，后来却对洪秀全发生了重要的影响。

在马礼逊和米怜以后，伦敦布道会又派遣理雅谷来华，至马六甲任英华书院院长。1843年该院迁往香港，改称神学院，理雅谷继续在香港任神学院院长，致力于建立教会和培养传教人员，由屈昂帮助他办理印刷事务。此后伦敦布道会又陆续派遣杨格非(即杨笃信)、韦廉臣、麦都思、米怜之子米利尼、艾约瑟等至上海、宁波、武汉、重庆、烟台、北京等地，传教活动由南而北向全国渗透。1830年，美国新教传教士也开始进入中国。美国公理会教士裨治文于1830年至广州，后创办并主编《澳门月报》，刊载有关中国的政治、经济、地理和文化等资料。另一名教士伯驾于1834年至广州，与裨治文合作在1838年开设博济医院。卫三畏也是公理会教士，1833年来广州参加编辑《澳门月报》，后著有《中国总论》、《中国商务指南》等书。还有浸礼宗传教士罗孝全、长老会传教士倪维思、圣公会传教士文惠廉等人相继来华。属于荷兰传教会的德国路德会牧师郭士立，也在此时作为自立传教士来华，主编《东西洋考每月统记传》月刊，1834年与裨治文共同组织益智会，1844年在香港设立汉会(又名福汉会，意为汉人信道得福)，专门训练中国传教人员到内地布道。但到1840年，由于清政府的禁教政策，在华传教士总共只有20人，代表四个差会，30余年中所收信徒也不满百人。这一时期，英美等国新教传教士来华的主观动机可能各自有所不同，但客观上总是起着配合殖民主义侵略的作用。他们的活动主要是：广泛收集中国的政治、经济、文化和军事方面的情报；著书、译经、办报、兴学，为大规模传教活动作准备；鼓吹武力干涉中国内政和强迫清朝政府放弃禁令，以实现在中国自由传教的目的。

鸦片战争后，清政府被迫签订了一系列丧权辱国的不平等条约。许多传教士不仅是侵华战争和讹诈的直接参与者，而且也是不平等条约的起草和策划者。他们认为“只有战争能开放中国给基督”，借着殖民主义的武装侵略，将传教活动作为特权列入条约。条约订立后，来华传教士人数急剧上升，英、美、德、加拿大等国传教士络绎不绝地来到中国各通商口岸，并以条约为护符进入内地活动。据统计，1858年新教传教士仅有81人，至1889年增加到1296人，其中英国传教士约占3/5，美国传教士约占2/5，代表41个差会。新教各主要宗派相继传入，传教者足迹遍及全国。公理宗系统的伦敦布道会传入最早，它在巩固香港、澳门、广州的传教基地后，又在浙江、江苏、福建、湖北、直隶开辟了教区，在陕西、湖南、四川建立了传教据点。美国公理会(也称美华会或美部会)在上海、福建、台湾、山西、直隶、山东建立教区或传教点，还深入张家口、内蒙活动。路德宗(信义宗)系统则从港澳扩展至内地，其传教区域分为豫鄂、湘中、湘西、豫东、豫中、粤南、陕西、东北等处，分属美国、德国、丹麦、瑞典、芬兰、挪威等国差会。安立甘宗(圣公宗)系统把其在中国传教的地区分为11个辖区：浙江、福建、港粤、华北、山东、四川、桂湘属于英国圣公会；江苏、鄂湘、皖赣属于美国圣公会；属于加拿大圣公会的，只有河南一辖区。浸礼宗系统在中国分为英浸礼会、美浸信会(传自美国南浸会)、美浸礼会(传自美国北浸会)、瑞典浸信会等，其传教区域分为华南(两广、山东)、华东(江苏、浙江)、华北(山东一部分、山西、陕西、东北)、华西(四川)、华中(河南、安徽)五区，教徒人数以山东、广东两省为最多。归正宗(长老宗)的传教区域与公理宗、路德宗大致相仿，绝大多数教徒分布在沿海地区。卫斯理宗(循道宗)先后有八个差会传入中国，最早的是美以美会，建立福建、江西、北京和四川的传教年会。监理公会以上海为据点，扩展到东北和云南。圣道公会在天津立足，除传播于直隶、山东、浙江、两广外，还深入到湖南、湖北、云南、贵州一带。内地会是一个跨宗派的差会组织，1865年由英国自立传教士戴德生创立，专门从事中国内地的传教活动，在短短的10多年里，该会传教区域扩展到19个省，并深入到边境少数民族地区，直至新疆、西藏。不过，迄19世纪末，新教教徒人数仅八万人，远不能与天主教相比。

清朝末年，天主教仍被严厉禁止传教，但法国与葡萄牙却在激烈争夺中国保教权。1834年4月，教皇格列高利十六世以葡萄牙不能履行保护者的义务为理由，颁布教谕取消其保教权。1838年，教廷不顾葡萄牙的反对，正式废除其在中国的保教权，并由法国教士孟振生取代葡萄牙派任的主教，就任北京教区主教。鸦片战争后，中法签订《中法黄埔条约》，准许法国人可在通商口岸建造教堂，并且中国地方官员有义务加以保护。1844年和1846年，在法国的压力下，清朝政府被迫宣布天主教弛禁，发还“所有康熙年间各省所建之天主堂”。天主教凭借不平等条约的支持，再次取得合法传教地位。从此，保护传教士和发还教产问题，一直成为中法交涉的主要内容之一。至1856年，罗马教廷已在辽东、蒙古、云南、贵州、西藏新设或重设了代牧区，同时撤销葡萄牙保教权下的北京、南京两个教区，另设直隶北境、直隶西南境、直隶东南境、江南四个代牧区，分别由法国巴黎外方传教会、遣使会和1814年恢复的耶稣会管理。仍属葡萄牙澳门教区管辖的两个代牧区，也由巴黎外方传教会署理。在这种背景下，大批传教士不顾条约的限制，纷纷潜入内地，原由中国教士及上层教徒管理的教堂、教产，也逐步转移到外国传教士手中。1858年，清政府在第二次鸦片战争中战败，被迫签订《中法天津条约》，其中第13款规定：

天主教原以“劝人行善”为本，凡奉教之人，皆全获保佑身家，其会同礼拜、诵经等事，概听其便；凡按第八款备有盖印执照，安然入内地传教之人，地方官务必厚待保护；凡中国人愿信崇天主教而循规蹈矩者，毫无查禁，皆免惩治。向来所有或写或刻奉禁天主教各明文，无论何处，概行宽免。

接着，1860年的《中法北京条约》第六款规定，以前没收的教产“应赔偿交还法国驻扎京师之钦差大臣，转交该处奉教之人”。担任翻译的法国传教士艾嘉略在中文本该条款之末，私自添加“并任法国传教士在各省租买田地，建造自便”一句。这两个条约是法国在中国取得全面保护天主教的政治特权的标志，保护范围从传教士扩大到教徒，赴华的传教士全部领取法国护照。1890年，德国在山东也获得对德国天主教传教士的保护权。自此以后，外国传教士有恃无恐，开始公开深入中国内地传教，天主教势力在各地大为发展。至1900年，全国已有代牧区37个(其中属法国传教机构的有20个)，教徒74万，教士1356人，其中外国教士886人。

东正教驻北京传教士团为适应沙俄侵略扩张政策的需要，自1860年后在形式上变成传教和文化机构。他们利用不平等条约所取得的特权，开始大规模向中国内地传教，出版中文传教书籍，培养华人神职人员。其传教范围由北京向外扩展，陆续在北京西山、通州、房山、涿县、永平、古北口、天津、北戴河、青岛、卫辉(河南)、上海、汉口、广州、石浦、沈阳、旅顺、大连、哈尔滨、长春、满洲里、库伦、西安及新疆等地建立教堂32座，分堂五座，神学院一所，男、女学校20所，气象台一座，企事业机构46家，拥有财产150万卢布。东北地区最早的教堂哈尔滨尼古拉圣堂建于1898年。1908年，中东铁路沿线建有教堂16座。哈尔滨、上海、天津、新疆等地都形成独立的教区。至1916年，上述教区受洗的中国东正教徒有5587人(其中北京约1000人，天津200余人)。另外，蒙古及西北边疆地区注册登记的中国东正教徒有37020人。