公元8至11世纪之间，印度密宗传入西藏，与西藏当地的苯教在斗争中相结合，逐渐形成一种新的西藏宗教，称“藏密”。因藏语尊称僧侣为喇嘛，所以俗称喇嘛教。喇嘛教派别众多，有俗称的花教、红教、白教、黄教等。

花教即萨迦派，元朝时势力最盛。花教首领八思巴得到忽必烈重用，被封为国师，负责管理全国佛教事宜和藏族地区行政事务。八思巴以吐蕃字母为基础创制了八思巴文，为促进汉、蒙、藏文化交流作出过重要贡献。西藏的萨迦寺是驰名中外的花教寺庙，属于西藏少有的藏书和写经中心。红教崇信旧密咒，创建于十二三世纪；白教重视口授密法，元末发展到鼎盛时期。

黄教即密教格鲁派，15世纪初由宗喀巴创立。人们因该派僧人穿戴黄色僧衣僧帽，故称之为黄教。黄教确立了佛教寺院森严的等级制，一切权力集中在后世习称的班禅和达赖喇嘛两个最高教主之手。就教阶而论，班禅高于达赖，但因明清以来赋予达赖世俗政权权力，所以达赖的实际声望和影响超过了班禅。达赖住在布达拉宫，班禅住在日喀则的扎什伦布寺。明清时期，黄教在西藏、青海和蒙古等地得到广泛传播，建立了许多寺院。

黄教的寺庙称为喇嘛庙，一般由经堂、佛殿、噶厦、扎仓与康村几个部分组成。经堂用来诵经，佛殿用于供佛，噶厦用来办公，扎仓为附设的佛教学院，康村则是喇嘛僧舍。小型喇嘛寺为方形四合式碉楼， 平面布局与藏族民居大体相似。大型喇嘛寺的布局则各具特色。有轴线的喇嘛寺，多建于河谷、山间的平缓地带，主体建筑居中，附属建筑或呈十字展开，或居四角，以方或圆的形状均匀对称分布，与佛教五方四天之说相对应。无明显轴线贯穿的喇嘛寺，多依山势走向高低建筑，房屋建筑多以白色为主调。布局错落自然，杂而有序。主要建筑跨度大，装饰力求精美繁富。黄教寺院以西藏的扎什伦布寺、色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺和青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺最为著名，被称为黄教六大寺。

扎什伦布寺在今西藏日喀则市南尼色日山下，明正统十二年(公元1447年)由一世达赖主持兴建。“扎什”藏语意为“吉祥”、“福寿”，“伦布”梵文音为“须弥山”，意即堆集。“扎什伦布”即“吉祥的堆集”。明末四世班禅掌权后，扎什伦布成为历世班禅举行宗教和政治活动的中心，为格鲁派第四大寺。

寺院依山傍水，周围筑有城垣，方圆约2公里，内设脱桑林、夏孜、吉康、阿巴四大扎仓(经学院)，有殿堂数十处，层楼重叠，金顶碧瓦，巍峨庄严。寺内收藏的佛像、唐卡、刺绣、珍玩、供器、瓷器等极为丰富。其豪华可与布达拉宫媲美。其中有明清两代皇帝颁发的大量金玉印章、封诰敕书及镌刻着八思巴文的元代“大司徒印”印章，有形象生动、风格迥异的壁画，有银皮包裹、镶嵌各色宝石的辉煌灿烂的历世班禅灵塔，这些都是研究西藏宗教和藏汉关系史的重要资料。

甘丹寺，又名噶丹寺，在今拉萨东面约60公里的达孜县境内，明永乐七年(公元1409年)由宗喀巴兴建，为格鲁派的第一座寺院。全寺由措钦大殿、扎仓、康村(佛殿名)、米村(佛殿名)以及佛堂僧舍等50多座建筑组成，群楼重叠，气势雄伟，寺院规模相当于三个布达拉宫。甘丹寺僧人定额为3300人，宗喀巴的法座继承人、历世格鲁派教主甘丹赤巴即居于此寺。寺内藏有许多明代以来的文物和工艺品，还保存着宗喀巴的遗体和历代甘丹赤巴的遗体灵塔。

哲蚌寺在今拉萨西北10公里处，建于明永乐十四年(公元1416年)。全寺依山而起，联成一座山城，又以白色为主调，远望犹如雪白的米堆，于是即以“米堆”为名，音译成汉语即“哲蚌”。哲蚌寺由果芒、罗色林、德央、阿巴四个扎仓和措钦大殿、甘丹颇章宫、康村等建筑组成。1951年以前僧人曾逾一万，是喇嘛教最大的寺院。正殿措钦大殿，面积1850平方米，可同时容纳六、七千人。甘丹颇章宫，是二世到五世达赖移居布达拉宫之前的宫室。五世达赖时，这里还一度成为西藏地方政权的中心。所以历世达赖都以此寺为母寺。寺内扎仓规模大于其他寺庙，藏书丰富。这里收藏着丰富的历史文物、佛教经典和工艺美术品，其中以三部《甘珠尔经》最为珍贵。

色拉寺在今拉萨北五公里处，建于明永乐十六年(公元1418年)，依山面河，规模宏大。全寺由措钦大殿和结巴、满巴、阿巴三个扎仓组成，1959年时寺僧达到9000人。措钦大殿的弥勒等铜铸佛像，造型精美，风格近似尼泊尔和印度特色。

甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺合称为拉萨三大寺。

塔尔寺在今青海湟中县鲁沙尔镇西南隅，始建于明嘉靖三十九年(公元1560年)，得名于大金瓦寺内纪念宗喀巴的大银塔。整个寺院依山势起伏，由大金瓦寺、小金瓦寺、小花寺、大经堂、九间殿、如意宝塔、太平塔、菩提塔、过门塔等大小建筑，组成完整的汉藏结合的建筑群。

大经堂是塔尔寺宗教组织的最高权力机构所在地，为藏式平顶建筑，面积1981平方米。堂内设有上千个蒲团，这些蒲团当地叫做“佛团垫”，可供2000多名喇嘛集体诵经打坐。数以百计的经卷存放在四壁的经架上，好象一座小型的图书馆。大经堂下设居巴、参尼、丁科、曼巴四大扎仓。居巴扎仓是研究密宗教义和逻辑学的机构；参尼扎仓是成立最早、规模最大的研究佛教显宗教义的机构；丁科扎仓是研究天文、历算、占卜以及工艺的机构；曼巴扎仓是研究医药治病的机构。

塔尔寺的雕塑享有盛名。如九间殿的如来、文殊、观音、金刚手、宗喀巴等塑像，造型敦厚谨严，神态肃穆庄严，观音仙女常被列为塔尔寺雕塑的代表作。不过，塔尔寺还有更为出名的，那就是酥油花、壁画和堆绣这三绝。

酥油花是一种独特的藏族雕塑艺术，为塔尔寺艺术三绝之首。它以酥油为原料，彩塑成各种形象，来表现生动的场景或故事。相传，文成公主进藏时，藏族人民想给她献上鲜花表示欢迎和敬意。可是当时正值隆冬，采不到鲜花，聪明的藏族人民于是用酥油塑了一束鲜花来替代。公主非常感动，把这束酥油花供在大昭寺的佛像前。从此，酥油花逐渐在西藏流传开来。明朝宗喀巴进行宗教改革时，酥油花传到甘、青、藏各地，从此在宗教文化艺术中心塔尔寺扎下了根。每年春节前几个月，酥油花艺人便把纯净的白酥油和各种矿物质染料糅和在一起，塑造各种人物、花鸟草虫以及各种宗教神话故事，赶在一年一度的元宵节灯会上展出。几百年来，塔尔寺的酥油花制作技艺日益精进，使塔尔寺的酥油花独放异彩。在每一组故事中，尽管人物有时多达一二百，小的人物造型只有拇指那么大，但不论人物花卉，还是草木鸟兽，塑造得都是那么细腻匀称，比例适当，形神兼备，惟妙惟肖。

塔尔寺的壁画多用矿物质颜料绘成，经久不变色。有的直接绘在墙壁上，有的绘在栋梁上，而最多的则是绘在布幔上，悬挂或钉在墙上。每年六月观经会上，将十几丈长的大佛像在山坡上凉晒，围观瞻仰者常达数万人。

堆绣是用各色绸缎剪成各种形状，塞入羊毛、棉花等东西，在布幔上绣上具有明显立体感的佛像、佛教生活故事、山水、鸟兽等画面，显得异常生动活泼。

塔尔寺一向是西北地区佛教中心，在全国和东南亚一带也享有盛名。每年农历正月、四月、六月、九月举行四次大法会，尤其是正月十五的大法会，以它许多美妙的宗教传说、神话故事和酥油花、壁画、堆绣“三绝”，总是能吸引数以万计的蒙、藏、汉等各族群众，前来瞻仰朝拜。

黄教六大寺院中，拉卜楞寺的历史是最短的，它位于甘肃夏河县大夏河岸边，是甘肃南部藏族地区最大的寺院，始建于清康熙四十八年(公元1709年)，喇嘛最多时达3000余人，现在寺内还有能煮四头大牛的铜锅。过去，这里曾经是甘肃、青海、四川等省藏族地区的政治、宗教、文化中心，下辖寺院108所，喇嘛总数达二万名。拉卜楞寺搜集和保存的藏族文化典籍，是全国各藏传佛教寺院中最为丰富、齐全的。拉卜楞寺的藏书，始于二世嘉木样(寺主)久美昂吾，他建立起规模宏大的藏书楼，搜集、求购了大量图书。久美昂吾以后的历世嘉木样，继续发展藏书事业，使藏书不断增多。据1959年的统计，拉卜楞寺各类藏书17833种，其中医药类262种，全集类12000种，因明类789种，密宗类735种，经咒类164种，传记类380种，天文历算类547种，修辞类108种，加上《甘珠尔》、《丹珠尔》以及宗喀巴等全集12000多部，所有藏书至少有10万多部。1782年，伴随寺庙规模的扩大，拉卜楞寺创办了藏医学院“曼康”，全名为“曼巴扎仓索日央盘琅”(意为“医药学院医明利人洲”)，开始了培养医学人才的教育。从创始自今200多年，拉卜楞寺医药学院形成了一套完整而严格的教学制度，十分重视理论与实践相结合。现在，该院制作的“洁白丸”、“九味沉香散”、“九味牛黄散”三种药剂，已列入国家医典。