这是我国古老的民族之一。早在两千多年以前，该族的情况已载入汉文历史文献，最早见于《史记》、《汉书》的“鬲昆”、“隔昆”、“坚昆”等，可能是柯尔克孜族先民自称的汉文音译。当时，他们主要居住在南西伯利亚的叶尼塞河上游地区。公元前3世纪，因被漠北匈奴贵族所迫，一部分部落往天山周围迁徙。大约500年左右之后，即公元2世纪至3世纪，叶尼塞河的柯尔克孜人逐渐强大，西与丁令、乌孙、康居为邻，摆脱了匈奴的控制，建立了汗国，被称为“纥骨”、“契骨”、“结骨”、“黠戛斯”。在突厥兴起之前，纥骨曾是铁勒诸部之一。突厥兴起之后，柯尔克孜先民被突厥汗国所统治。公元630年，唐朝消灭了东突厥汗国以后，柯尔克孜先民与中原建立了直接的关系。由于西突厥内争不休，黠戛斯趁机摆脱了突厥的统治，首领失缽屈阿栈亲自来朝，向唐进贡貂裘、貂皮，隶属于唐朝。唐朝将黠戛斯所在地设坚昆都督府，正式归入唐朝版图。公元744年，回纥灭东突厥，建立回纥汗国，柯尔克孜先民又被漠北回纥(后改为回鹘)所统治，双方进行了长期的争斗，于840年将回鹘汗国推翻，建立了黠戛斯汗国，所辖之地西至天山西部，东至贝加尔湖一带，南接唐朝。根据《新唐书》记载，7至10世纪，黠戛斯和汉族的交往已很频繁，氏族组织已趋于瓦解。

10世纪至18世纪中叶，柯尔克孜先民被称为“辖戛斯”、“纥里纥斯”、“乞儿吉斯”、“吉利吉斯”、“布鲁特”等。辽、宋之际，活动范围很广。12世纪末，成吉思汗兴起，直至明代，乞尔吉斯人长期受到异族的蹂躏，先后受辽国(契丹)、喀拉汗国(黑汗)、西辽(黑契丹)、蒙古(元)以及蒙古族察合台后裔的统治。明代，乞尔吉斯被蒙古瓦剌(后为准噶尔)贵族所迫，双方有激烈的斗争。叶尼塞河的乞尔吉斯被迫向西南方向迁移，至阿克苏地区。从此，主要在天山、帕米尔高原和昆仑山一带活动，直到15世纪，乞儿吉斯的部落依然存在，不过各部落已统一为一个整体，也是天山突厥各部落人数众多的集团之一。他们与契丹人、钦察人、乃蛮人、蒙古人、回鹘人都有历史渊源关系。19世纪中叶以后，沙俄侵占了天山西部的热湖、纳林河一带乞儿吉斯地区。一个统一的民族被分裂。在我国境内的，后来统称为柯尔克孜族，80%聚居于新疆西南部克孜勒苏柯尔克孜自治州。南疆、北疆亦有。黑龙江省富裕县等地有少数人，是200多年前被清政府迫迁去的。

柯尔克孜族在历史上长期受异族统治，和平安居的时间很短，总是不停息地进行反抗、征战，是一个苦难的在马背上度日的民族。他们的史诗《玛纳斯》反映的大约是12世纪至18世纪的社会历史现实。因此，堪称该族的诗史。