1931年9月18日：发生柳条湖事件，发动满洲事变（即“九一八事变”)。日军占领沈阳。石井四郎倡议创建细菌战部队。

1932年5月15日：发生“五一五”事件，刺杀犬养首相。

1932年8月：陆军军医学校内设置防疫研究室。

1933年：在背阴河创建关东军防疫班，代号为“加茂部队”。

1935年8月：相泽中佐在陆军省内刺杀军务局长永田。

1936年2月：发生“二二六”事件。

1936年8月：关东军防疫班改组为关东军防疫部。

1937年7月7日：发生卢沟桥事变，日中战争扩大。

1938年5月：日本国内禁止庆祝五一劳动节。颁布国家总动员法。

1938年6月13日：在平房附近地区划定军事特区。

1938-1939年：关东军防疫部进驻滨江省平房附近进行建设（以距哈尔滨市约20公里的三屯、四屯、五屯为中心）。在滨江留下第三部和诊疗部的设施，作为“南楼”，进驻完毕，代号改为东乡部队。

1939年5月：发生诺门坎事件。

1939年6-10月（上旬）：在诺门坎事件过程中，在黑河附近进行细菌战。碇常重少佐等22人污染该河。

1939年9月1日：德国开始进攻波兰，第二次世界大战爆发。

1940年5月-6月：在中国东部的宁波地区进行细菌战。

1940年6月：意大利对英、法宣战。

1940年7月26日：发布关东军作战命令丙第659号命令。

1940年8月：改组为关东军防疫给水部。

1940年9月：日、德、意三国签订同盟条约。

1940年I2月2日：创设关东军防疫给水部支队，平房地区设施成为总部。牡丹江支队（海林）林口支队（林口）孙吴支队（孙吴）海拉尔支队（海拉尔）

1941年4月：日、苏两国在莫斯科签订中立条约。

1941年7月：举行关东军特别大演习，在满洲(中国东北）地区集结了70万兵力。

1941年夏：根据关东军作战命令丙第659号命令，太田澄大佐派四五十人在中国中部常德地区进行细菌战。

1941年8月：代号改为：本部为满洲731部队；牡丹江支队为满洲643部队；林口支队为满洲162部队；孙吴支队为满洲673部队；海拉尔支队为满洲543部队

1941年12月8日：日本对美、英两国宣战，发动太平洋战争。

1942年7月：北野政次接替石井，任731部队长。

1942年8月13日：在浙赣作战中日军退却时石井中将等50～100人实施细菌战。

1943年9月：意大利宣布无条件投降。

1943年10月：日本731创建安达特设实验场。

1945年2月11日：签署《雅尔塔协定》。

1945年3月：石井四郎归任731部队长。

1945年5月：番号改名为满洲25202部队。

1945年5月：德国无条件投降。

1945年7月1日：731部队的重要设备开始向通化疏散。

1945年8月9日：苏联向日宣战，部队下达解散令。

1945年8月2日-5日：部队总部和支部自我破坏，深夜留下部分要员，总部全体人员乘有篷货车逃跑。

1945年8月15日：战争结束。

战争结束时的部队实力分布：本部：石井四郎中将等1300人；牡丹江：尾上正男少佐等200人；林口：榊原秀史少佐等226人；孙吴：西俊英中佐等136人；海拉尔：加藤恒则少佐等226人。